| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,630,352 | G→T | 7.0% | G17C (GGC→TGC) | clpP → | ATP‑dependent Clp protease proteolytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,630,352 | 0 | G | T | 7.0% | 516.8 / 20.9 | 157 | G17C (GGC→TGC) | clpP | ATP‑dependent Clp protease proteolytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (75/71); new base T (6/5); total (81/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
TGCTGAGTAACGGTCTTCTCTCGTAGGAAACCTCCACAAGCCAGCCTTCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTC > NC_002947/2630203‑2630501 | tgctgAGTAACGGTCTTCTCTCGTAGGAAACCTCCACAAGCCAGCCTTCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAg > 2:1651933/1‑150 (MQ=255) aGTAACGGTCTTCTCTCGTAGGAACCCTCCACAAGCCAGCCTTCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATCTTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAggcggc < 1:1282898/150‑1 (MQ=255) gTAACGGTCTTCTCTCGTAGGAAACCTCCACACGCCAGCCTTCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTGGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAAGTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACCTCCAGGCCGCAGGCGGcc < 2:4382445/150‑1 (MQ=255) 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tAGGAAACCTCCACAAGCCAGCCTTCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACACCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATc < 2:4723456/150‑1 (MQ=255) tAGGAAACCTCCACAAGCCAGCCTTCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTAGTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATc > 2:4555166/1‑150 (MQ=255) ggAAACCTCCACAAGCCAGCCTTCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGa > 2:4650850/1‑150 (MQ=255) aaCCTCCACAAGCCAGCCTTCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCa < 2:3964183/150‑1 (MQ=255) aaCCTCCACAAGCCAGCCTTCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCa > 1:3116725/1‑150 (MQ=255) 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gccagccTTCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTg > 2:1506717/1‑150 (MQ=255) tCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAAcgc < 2:239261/150‑1 (MQ=255) gAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACgcgc < 1:3929554/150‑1 (MQ=255) gCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCtt > 2:4827052/1‑150 (MQ=255) cTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTa < 1:1782404/150‑1 (MQ=255) 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ttCAGCAGGGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATgg > 1:4992837/1‑150 (MQ=255) gCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCtcg < 2:3647622/150‑1 (MQ=255) ctctGACATCCAGGCCGCATGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCtcgt < 2:3335021/150‑1 (MQ=255) tctGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATg < 1:746153/138‑1 (MQ=255) tctGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATg > 2:746153/1‑138 (MQ=255) tctGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCtcgtc > 1:1723721/1‑150 (MQ=255) tctGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCATGTAGTCCTCTACCGGGCCAAccaggaa < 2:3623917/150‑6 (MQ=38) tGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTcgtcgt > 1:1575753/1‑150 (MQ=255) aCATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTg > 2:2243099/1‑150 (MQ=255) aTCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTgcg > 2:3627682/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCGCCTGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAAGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCa > 2:4143092/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTAc > 1:370815/1‑126 (MQ=255) cAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCac > 2:2945868/1‑149 (MQ=255) cAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCaa > 2:3774798/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCaa > 2:388355/1‑150 (MQ=255) aGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAAc > 1:4090485/1‑150 (MQ=255) aGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAAc > 2:1298362/1‑150 (MQ=255) aGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAAc > 1:3673103/1‑150 (MQ=255) aGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAAc > 2:130246/1‑150 (MQ=255) ggCCGCCTGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAAct > 2:3108781/1‑150 (MQ=255) gCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAActg < 2:3697699/150‑1 (MQ=255) ggcggcCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTc < 2:3120830/150‑1 (MQ=255) | TGCTGAGTAACGGTCTTCTCTCGTAGGAAACCTCCACAAGCCAGCCTTCGAGCTGGCTTGTGCGTATTCAAGCCATGACTATTTGGGAGTGAGCGCAGGACATGTCCCGCAATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTC > NC_002947/2630203‑2630501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |