Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,713,585 | T→C | 6.4% | T1162A (ACC→GCC) ‡ | metH ← | cobalamin‑dependent methionine synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,713,585 | 0 | T | C | 6.4% | 630.9 / 20.9 | 201 | T1162A (ACC→GCC) ‡ | metH | cobalamin‑dependent methionine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/100); new base C (10/3); total (98/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
ACGCTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAGTGCTCTTTA > NC_002947/2713436‑2713733 | aCGCTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGt < 1:2661592/150‑1 (MQ=255) aCGCTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGt < 2:3270824/150‑1 (MQ=255) cGCTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTg < 1:4874230/150‑1 (MQ=255) gATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATc > 2:740273/1‑150 (MQ=255) tCTGGTCCTTGTCGCCCTTGCCTACGGCAAAATTCTTCGCCTGCGGGGGGGCGTAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCgg < 1:609828/150‑2 (MQ=255) tGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGc > 2:1554617/1‑150 (MQ=255) tCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAgg > 1:2062241/1‑150 (MQ=255) cTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCg > 1:1154148/1‑150 (MQ=255) cTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCg < 1:555928/150‑1 (MQ=255) ttGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCgg > 1:3577671/1‑150 (MQ=255) cGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACa < 1:4008794/150‑1 (MQ=255) gACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAcgg > 2:1374422/1‑148 (MQ=255) gACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACag < 1:4810929/150‑1 (MQ=255) 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ggCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCgg < 2:1866570/150‑1 (MQ=255) ggCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCgg < 1:849577/150‑1 (MQ=255) gCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCggg < 1:3731843/150‑1 (MQ=255) ccGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCa > 1:2325817/1‑150 (MQ=255) ggTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATa < 2:4952836/150‑1 (MQ=255) 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aCCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCa < 2:2322980/150‑1 (MQ=255) aCCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCa > 1:3013771/1‑150 (MQ=255) tcGATGGCACCGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAg > 2:2563371/2‑150 (MQ=255) cGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAGt < 1:1318986/150‑1 (MQ=255) gATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAGTg > 2:1544497/1‑150 (MQ=255) ggTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAGTGCTCttt < 2:3703145/150‑1 (MQ=255) | ACGCTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAGTGCTCTTTA > NC_002947/2713436‑2713733 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |