Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,801,145 | A→G | 5.3% | intergenic (‑194/+22) | PP_2452 ← / ← ansB | hypothetical protein/glutaminase‑asparaginase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,801,145 | 0 | A | G | 5.3% | 540.2 / 11.6 | 169 | intergenic (‑194/+22) | PP_2452/ansB | hypothetical protein/glutaminase‑asparaginase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/85); new base G (3/6); total (78/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 |
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTCA > NC_002947/2800996‑2801290 | gtaagtaaATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCa > 2:1637858/1‑150 (MQ=255) taagtaaATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCAc < 2:3585652/150‑1 (MQ=255) agtaaATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCg < 1:4582881/150‑1 (MQ=255) gtaaATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCgg > 1:3635436/1‑150 (MQ=255) aTTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGGGCCGGTGCGCCGGctct < 2:900395/150‑1 (MQ=255) ttCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTg > 2:2908043/1‑150 (MQ=255) tCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGa < 2:1882748/150‑1 (MQ=255) cGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGGGCCGGTGCGCCGGCTCTGAg < 2:4596591/150‑1 (MQ=255) 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ggTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGtt < 1:49063/150‑1 (MQ=255) ttGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTct > 2:2325196/1‑149 (MQ=255) ttGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCa < 1:830293/150‑1 (MQ=255) tgatgaTTTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTctg < 1:1939471/150‑3 (MQ=255) gAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAgg < 1:3474820/150‑1 (MQ=255) gAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAgg < 1:161669/150‑1 (MQ=255) aGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGt > 2:3166716/1‑150 (MQ=255) ttGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGa < 1:588575/150‑1 (MQ=255) gAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGAc < 2:4773365/150‑1 (MQ=255) ccTCAGGGCCGGTGCGCCGGCTCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGt > 1:1656057/1‑150 (MQ=255) ccTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCAACGACCCAGt > 2:508589/1‑150 (MQ=255) cTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTc < 1:3023615/150‑1 (MQ=255) tCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCg > 1:1441088/1‑150 (MQ=255) gagCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTc < 2:3813032/150‑1 (MQ=255) gagCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTc < 2:1032593/150‑1 (MQ=255) gagCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTc > 2:2748830/1‑150 (MQ=255) gagCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTGGGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTc < 2:1259551/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCtt < 2:4224046/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCtt < 1:758764/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCtt < 1:1637838/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCtt < 2:4749809/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCtt < 2:3756582/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCtt < 1:4753593/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTg < 1:1387427/150‑1 (MQ=255) ggCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTc < 2:3035883/150‑1 (MQ=255) gcgcACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTCa > 1:4861861/1‑150 (MQ=255) | GTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTCA > NC_002947/2800996‑2801290 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |