Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,072,461 | T→C | 5.3% | intergenic (+64/‑290) | aldB‑II → / → pqqD‑II | aldehyde dehydrogenase/coenzyme PQQ synthesis protein D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,072,461 | 0 | T | C | 5.3% | 494.8 / 9.6 | 151 | intergenic (+64/‑290) | aldB‑II/pqqD‑II | aldehyde dehydrogenase/coenzyme PQQ synthesis protein D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (74/69); new base C (2/6); total (76/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
AGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCTTCTACCGGAATCCTCCGGCAC > NC_002947/3072312‑3072609 | agaCCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGt < 2:2300761/150‑1 (MQ=255) aCCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTga > 1:2622888/1‑150 (MQ=255) ccACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTgaag > 1:277913/1‑150 (MQ=255) ccACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGCTTCACCGCAGGTTCCAGAAACGGTgaag > 1:2720883/1‑150 (MQ=255) cacaAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTgaaga > 2:4829135/1‑150 (MQ=255) acaAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTgaagaa > 1:3424767/1‑150 (MQ=255) acaAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTgaagaa > 1:4060980/1‑150 (MQ=255) caAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAAc < 2:1773714/150‑1 (MQ=255) aGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCt < 2:2800137/150‑1 (MQ=255) aGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCt < 1:2032175/150‑1 (MQ=255) gatgatGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCtg > 1:2134545/1‑150 (MQ=255) atgatgCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCtgt < 1:1540408/150‑1 (MQ=255) gCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTggggg > 1:4290894/1‑150 (MQ=255) cTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCTTCACCGGTTCTGGAACCAGCGGTGAACCTGTGGgagc < 1:3356773/150‑1 (MQ=18) ttGACCATTATCAGCCGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGgggcg < 1:409968/150‑1 (MQ=255) tGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGgggcgg < 1:2934946/150‑1 (MQ=255) tGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCGTCGCGGGCTTGCCCGCCCCCACAGGTTCTTCACCGGTTCTGGAACCAGCGGTGAACCTGTGGgagcgg < 1:1265246/150‑1 (MQ=18) tGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCGTCGCGGGCTTGCCCGCCCCCACAGGTTCTTCACCGGTTCTGGAACCAGCGGTGAACCTGTGGgagcgg < 1:1265245/150‑1 (MQ=18) 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ccGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGcccc > 2:1208153/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGcccc > 1:2566525/1‑150 (MQ=255) ccACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCa > 2:3328467/1‑150 (MQ=255) ccACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCa > 2:4093618/1‑150 (MQ=255) cacaGGTTCACCGCAGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCAt > 1:2491386/1‑150 (MQ=255) 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ccGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCTTCTACCGGAATCCTCCgg < 2:365134/150‑1 (MQ=255) gTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCAACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCTTCTACCGGAATCCTCCGGcac > 2:4221102/1‑150 (MQ=255) | AGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCTTCTACCGGAATCCTCCGGCAC > NC_002947/3072312‑3072609 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |