| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,105,384 | C→T | 5.5% | F202F (TTC→TTT) | PP_2713 → | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,105,384 | 0 | C | T | 5.5% | 396.1 / 8.6 | 126 | F202F (TTC→TTT) | PP_2713 | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/57); new base T (2/5); total (64/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
AAAGAGTATGTGCTGTTGCATGAGTTGCTGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCA > NC_002947/3105235‑3105531 | aaaGAGTATGTGCTGTTGCATGAGTTGCTGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTc > 1:3418617/1‑150 (MQ=255) agagTATGTGCTGTTGCATGAGTTGCTGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCaa < 2:1896377/150‑1 (MQ=255) aTGTGCTGTTGCATGAGTTGCTGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGcc < 1:1402416/150‑1 (MQ=255) tgCTGTTGCATGAGTTGCTGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGa > 2:1427842/1‑150 (MQ=255) gTTGCATGAGTTGGTGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGGTGGGATGTAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCg > 1:1962164/1‑150 (MQ=255) cATGAGTTGCTGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTTAACGGCCTGATTCGCACg < 2:3087965/150‑1 (MQ=255) aTGAGTTGCTGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACgg > 2:217526/1‑150 (MQ=255) aTGAGTTGCTGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACgg > 1:2562691/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTgcgc > 1:3994549/1‑150 (MQ=255) tGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGGGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTTAACGGCCTGAGTCGCACGGTGCGCGGac > 1:2972210/1‑149 (MQ=255) gCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAAtt < 1:2212086/150‑1 (MQ=255) acaGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTgg < 2:4494903/150‑1 (MQ=255) acaGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTgg < 2:4054313/150‑1 (MQ=255) caGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGc < 1:3891034/150‑1 (MQ=255) caGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGc < 2:3082755/150‑1 (MQ=255) caGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGc < 2:3082792/150‑1 (MQ=255) caGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGc < 2:3082797/150‑1 (MQ=255) aGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCt > 1:2437179/1‑150 (MQ=255) 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gTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCAt < 1:3491555/150‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGa < 1:4071306/150‑1 (MQ=255) aGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTTAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGAc < 2:2300697/150‑1 (MQ=255) cTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGc > 2:540426/1‑150 (MQ=255) tGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCt > 1:4693012/1‑150 (MQ=255) aCTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTc > 2:3870729/1‑150 (MQ=255) tCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGc > 2:4536400/1‑150 (MQ=255) aCTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAg > 1:3956669/1‑150 (MQ=255) ctgTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCa > 1:3386273/1‑150 (MQ=255) tgTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGGGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCAc < 2:2389635/150‑1 (MQ=255) 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tCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTcgc > 1:578587/1‑150 (MQ=255) cTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTcgcg > 2:2479696/1‑150 (MQ=255) tACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCgcgc > 2:252081/1‑150 (MQ=255) tACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCgcgc > 2:5080446/1‑150 (MQ=255) tACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCgcgc > 2:2051313/1‑150 (MQ=255) tACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCgcgc > 2:4849058/1‑150 (MQ=255) tACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCgcgc > 2:459356/1‑150 (MQ=255) tACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCgcgc > 1:158943/1‑150 (MQ=255) aCCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGct < 1:2008372/150‑1 (MQ=255) ccATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGctc > 1:90046/1‑150 (MQ=255) ccATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGctc > 2:2297831/1‑150 (MQ=255) ttagcgcAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGAGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCTCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCGCCTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCtat > 2:1210759/4‑150 (MQ=255) ttGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCtata < 1:3774539/150‑1 (MQ=255) gcgcAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAAc > 1:187296/1‑150 (MQ=255) cAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTAc > 1:4999985/1‑150 (MQ=255) cAAGAAGCTGGTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTAc < 2:3418617/150‑1 (MQ=255) agaagCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCa > 1:2950842/1‑150 (MQ=255) gaagCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCAc > 1:4170147/1‑150 (MQ=255) gaagCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCAc < 1:3529418/150‑1 (MQ=255) cTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGAca > 1:541216/1‑150 (MQ=255) cTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGAca < 1:3171503/150‑1 (MQ=255) gTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGAcagc > 1:4504644/1‑150 (MQ=255) gTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGAcagc > 2:825554/1‑150 (MQ=255) ttCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGAcagca > 2:436992/1‑150 (MQ=255) ttCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGAcagca > 1:3214568/1‑150 (MQ=255) | AAAGAGTATGTGCTGTTGCATGAGTTGCTGGCACAGCCGGGCAAGGTATTCACACGTGAGCGCCTGACTCAACTGCTGTATGGCTGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCA > NC_002947/3105235‑3105531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |