| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,420,484 | G→A | 6.6% | intergenic (‑108/+51) | prtN ← / ← PP_3032 | transcriptional regulator PrtN/DNA‑binding protein Roi‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,420,484 | 0 | G | A | 6.6% | 465.3 / 15.2 | 152 | intergenic (‑108/+51) | prtN/PP_3032 | transcriptional regulator PrtN/DNA‑binding protein Roi‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/75); new base A (3/7); total (70/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
GCGTGCGGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTCGA > NC_002947/3420336‑3420630 | gcgtgcgGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGc < 2:1407334/150‑1 (MQ=255) tgcgGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGtt < 2:2531035/150‑1 (MQ=255) gcgGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTg < 2:700190/150‑1 (MQ=255) 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aCCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGc > 2:2050160/1‑150 (MQ=255) gcgcCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAgg < 1:2908084/150‑1 (MQ=255) gcCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAgggg > 2:4961664/1‑150 (MQ=255) gcCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAgggg > 1:4079773/1‑150 (MQ=255) aTTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATc > 1:4601314/1‑150 (MQ=255) 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ctcctGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCa > 1:1977347/1‑150 (MQ=255) cgtgaggAGCGCAACGCTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCa > 1:3795559/6‑150 (MQ=255) tcctGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCAc > 1:1037581/1‑150 (MQ=255) tgaggAGCGCAACGCTGCGCTCCACACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCAcg > 1:4810228/4‑150 (MQ=255) gaggAGCGCAACGCTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCAcgc > 1:2408042/3‑150 (MQ=255) gcAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTCGa > 1:4979182/1‑150 (MQ=255) | GCGTGCGGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTCGA > NC_002947/3420336‑3420630 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |