Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,661,874 | T→C | 7.2% | intergenic (‑44/+31) | PP_3223 ← / ← PP_3224 | ABC transporter substrate‑binding protein/class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 3,661,874 | 0 | T | C | 7.2% | 373.4 / 13.0 | 125 | intergenic (‑44/+31) | PP_3223/PP_3224 | ABC transporter substrate‑binding protein/class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/49); new base C (5/4); total (70/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCTTGACAA > NC_002947/3661727‑3662023 | gATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGc < 1:3782459/150‑1 (MQ=255) aTGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGcc < 2:431410/150‑1 (MQ=255) ttGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGa > 2:1338524/1‑150 (MQ=255) 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cTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTCCCGGCGAACTGGCCGGAACAggaga < 2:85914/150‑4 (MQ=255) tGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCaaaa < 1:2057224/150‑1 (MQ=255) gTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGc > 1:4188003/1‑150 (MQ=255) gTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCAGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGc > 1:4438928/1‑150 (MQ=255) gAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCtt < 2:1541337/150‑1 (MQ=255) aGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTg > 1:670096/1‑150 (MQ=255) aGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTg > 1:72050/1‑150 (MQ=255) aGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTg < 1:3239983/150‑1 (MQ=255) gtgtTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGa < 1:2030266/150‑1 (MQ=255) gtgtTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGa < 1:1214347/150‑1 (MQ=255) 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aaGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGACTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAg > 2:4240833/1‑150 (MQ=255) aGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGCTCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAgg > 2:707938/1‑150 (MQ=255) aGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAgg < 2:2461494/150‑1 (MQ=255) tGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTc > 2:1152267/1‑150 (MQ=255) tGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTc > 1:3563848/1‑150 (MQ=255) 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ctcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGc < 2:72050/150‑1 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCt > 2:4002334/1‑150 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCt > 2:4294612/1‑150 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCt > 2:2527782/1‑150 (MQ=255) cTGTTCCGGCGAACTGGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGTGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCa > 2:1965983/1‑150 (MQ=255) 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ttCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGc > 2:4971343/1‑150 (MQ=255) ttCCGGCCAGGTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGc < 2:3706269/150‑1 (MQ=255) tCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCa < 1:2234905/150‑1 (MQ=255) ccGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCTGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCAc < 1:1955669/150‑1 (MQ=255) ccGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCAc > 2:3012699/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCAcc > 1:379349/1‑150 (MQ=255) ggCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCt < 2:3308303/150‑1 (MQ=255) gCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCtt > 1:1366878/1‑150 (MQ=255) gCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCtt < 2:3418502/150‑1 (MQ=255) gCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCtt > 1:1366876/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCTTGACaa > 1:369842/1‑150 (MQ=255) | GCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCTTGACAA > NC_002947/3661727‑3662023 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |