| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,895,448 | G→A | 6.3% | E282E (GAG→GAA) | rarD → | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,895,448 | 0 | G | A | 6.3% | 440.2 / 12.9 | 143 | E282E (GAG→GAA) | rarD | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/72); new base A (7/2); total (69/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.89e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TGCTGCCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCTCATC > NC_002947/3895300‑3895597 | tgctgcCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAgg < 1:1281224/150‑1 (MQ=255)tgctgcCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAgg < 1:3823281/150‑1 (MQ=255) ctgcCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGc < 1:4377147/150‑1 (MQ=255) 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2:3914611/150‑1 (MQ=255) tGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCtc < 1:1882977/150‑1 (MQ=255) gAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCtca > 2:3163629/1‑150 (MQ=255) gggCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCtcatc > 2:2721795/1‑150 (MQ=255) gggCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCtcatc > 1:4889372/1‑150 (MQ=255) | TGCTGCCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCTCATC > NC_002947/3895300‑3895597 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |