| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,982,389 | G→T | 5.2% | L70M (CTG→ATG) ‡ | cobN ← | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,982,389 | 0 | G | T | 5.2% | 714.7 / 18.6 | 212 | L70M (CTG→ATG) ‡ | cobN | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (109/92); new base T (5/6); total (114/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTGGGAAAGTCTTCGGGCAATTGCTCTGCGGTGTCGGCGAGCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGTCTGGCCG > NC_002947/3982240‑3982537 | ggTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGa > 2:536/1‑150 (MQ=255) tCATCGCCCGGCACCAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGAcc > 1:2078197/1‑150 (MQ=255) cATCGCCCGGCACCAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACCTGTATGTCGAcca < 1:1026402/150‑2 (MQ=255) aTCGCCCGGCACCAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGa > 2:1594745/1‑150 (MQ=255) aTCGCCCGGCACCAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGa > 1:2441017/1‑150 (MQ=255) tCGCCCGGCACCAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCCGGTCGACCTGTATGTCGAccagg < 1:1863478/150‑4 (MQ=255) gCCCGGCACCAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGc < 2:1706880/150‑1 (MQ=255) ccGGCACCAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCAt > 1:5050695/1‑150 (MQ=255) cGGCACCAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATg < 2:2186152/150‑1 (MQ=255) cGGCACCAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATg > 2:1785956/1‑150 (MQ=255) ccAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCt < 1:4491419/150‑1 (MQ=255) ccAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCt < 1:4328264/150‑1 (MQ=255) ccAGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCt < 2:3157983/150‑1 (MQ=255) aGAATCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGc > 2:2922202/1‑150 (MQ=255) tCAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCCTGGTTCTGCACCt > 2:2755968/1‑150 (MQ=255) cAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTg > 1:2260800/1‑150 (MQ=255) cAGCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTg > 2:3214267/1‑150 (MQ=255) gCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCa > 2:1258273/1‑150 (MQ=255) gCTGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCa > 2:3840150/1‑150 (MQ=255) gCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGtt < 2:4966402/150‑1 (MQ=255) gCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGtt > 2:429746/1‑150 (MQ=255) cACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTgg > 2:2436775/1‑150 (MQ=255) cGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGcc > 2:1163119/1‑150 (MQ=255) cGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGcc < 1:673147/150‑1 (MQ=255) cggcCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGgc < 2:1908776/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAg < 2:2783855/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAg < 2:2066849/150‑1 (MQ=255) tCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTg < 1:1423081/150‑1 (MQ=255) tCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTg < 2:3646761/150‑1 (MQ=255) cGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTgg > 2:1753117/1‑150 (MQ=255) gACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTggg < 2:4149442/150‑1 (MQ=255) gACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTggg > 2:1654988/1‑150 (MQ=255) ccAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTGGGaa > 1:3228700/1‑150 (MQ=255) 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tggcgCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTGGGAAAGTCTTCGGGCAATTGCTCTGCGGTGTCGGCGAGCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATc > 1:61600/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTGGGAAAGTCTTCGGGCAATTGCTCTGCGGTGTCGGCGAGCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCAc < 2:3326883/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTGGGAAAGTCTTCGGGCAATTGCTCTGCGGTGTCGGCGAGCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCAc < 1:4676433/150‑1 (MQ=255) cgcAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCATGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTGGGAAAGTCTTCGGGCAATTGCTCTGCGGTGTCGGCGAGCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCAcc < 1:1759535/150‑1 (MQ=255) gcagcaCCTGGTCGACATACAGGTCGACCGAGGCCTGGTTCTGCACCTGCATCGGGTTGGCCAGGCGCAGGCTGGGAAAGTCTTCGGGCAATTGCTCTGCGGTGTCGGCGAGCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCa > 2:196959/1‑150 (MQ=255) 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NC_002947/3982240‑3982537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |