Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,003,948 | G→A | 6.9% | V56I (GTT→ATT) ‡ | allE → | S‑ureidoglycine aminohydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,003,948 | 0 | G | A | 6.9% | 614.4 / 24.1 | 201 | V56I (GTT→ATT) ‡ | allE | S‑ureidoglycine aminohydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (96/91); new base A (9/5); total (105/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
TTCGCCCCCCACGGTGGGCACCCGGCTCAAACCGAGCTGCTGACTGACCGTGCCATGTTCACCGAAGCCTATGCCGTCATCCCCAAAGGCGTGATGCGTGACATCGTCACCAGCCACCTGCCCTTCTGGGACAAGATGCGCATGTGGGTTATCGCCCGCCCGCTGACCGGTTTTGCCGAAACGTTCTCCCAGTACATCGTCGAACTGGCCCCGGAAGGCGGCAGCGAGCGCCCAGAGCTGGACGCCGATGCGGAAGCCGTGGTGTTCATCGTCGAAGGCGAACTGGACATCACCGTC > NC_002947/4003801‑4004097 | ttCGCCCCCCACGGTGGGCACCCGGCTCAAACCGAGCTGCTGACTGACCGTGCCATGTTCACCGAAGCCTATGCCGTCATCCCCAAAGGCGTGATGCGTGACATCGTCACCAGCCACCTGCCCTTCTGGGACAAGATGCGCATGTGGGtt > 2:1232953/1‑150 (MQ=255) ttCGCCCCCCACGGTGGGCACCCGGCTCAAACCGAGCTGCTGACTGACCGTGCCATGTTCACCGAAGCCTATGCCGTCATCCCCAAAGGCGTGATGCGTGACATCGTCACCAGCCACCTGCCCTTCTGGGACAAGATGCGCATGTGGGtt > 2:307162/1‑150 (MQ=255) ttCGCCCCCCACGGTGGGCACCCGGCTCAAACCGAGCTGCTGACTGACCGTGCCATGTTCACCGAAGCCTATGCCGTCATCCCCAAAGGCGTGATGCGTGACATCGTCACCAGCCACCTGCCCTTCTGGGACAAGATGCGCATGTGGGtt < 2:460045/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |