Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 274,791 | C→A | 5.8% | G386V (GGC→GTC) | PP_0222 ← | DszA family monooxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 274,791 | 0 | C | A | 5.8% | 459.5 / 12.9 | 138 | G386V (GGC→GTC) | PP_0222 | DszA family monooxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (79/51); new base A (4/4); total (83/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGAT > NC_002947/274645‑274939 | cGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCgg > 1:1701575/1‑150 (MQ=255) cTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTc > 1:2757534/1‑150 (MQ=255) tGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCa > 1:4246272/1‑150 (MQ=255) tGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCa < 1:3921561/150‑1 (MQ=255) tGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCa < 2:4814971/150‑1 (MQ=255) ggAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCAt > 2:1696166/1‑150 (MQ=255) ggAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCAt > 2:1696189/1‑150 (MQ=255) ggAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGGCCTGGACGGTTTCaa < 2:2055969/150‑2 (MQ=255) 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ttttCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCAc < 2:1785953/150‑1 (MQ=255) tttCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGTGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCAcg > 2:672128/1‑150 (MQ=255) ttCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCAcgc < 1:370691/150‑1 (MQ=255) cgcgCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGa < 1:1634712/150‑1 (MQ=255) cgcAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATc > 1:865467/1‑150 (MQ=255) 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gCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTg < 2:4221398/150‑1 (MQ=255) gggTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCa > 2:3180416/1‑150 (MQ=255) tCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACt > 1:3577629/1‑150 (MQ=255) gatcgatGAAACCGGCCTGGACGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACt > 2:2779477/7‑150 (MQ=255) aGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTgg > 1:111365/1‑150 (MQ=255) 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ggCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGa < 1:796342/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGAt < 1:1504590/150‑1 (MQ=255) | CGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGAT > NC_002947/274645‑274939 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |