Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,552,981 | C→T | 5.4% | A128A (GCC→GCT) | pydA → | NADP‑dependent dihydropyrimidine dehydrogenase subunit PreA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,552,981 | 0 | C | T | 5.4% | 584.8 / 14.5 | 185 | A128A (GCC→GCT) | pydA | NADP‑dependent dihydropyrimidine dehydrogenase subunit PreA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (86/89); new base T (2/8); total (88/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ATCACCGACCGCTCTCTGGAAATCAACCTGCGTGAAATCACCCAGGTGAAGAAGGACTGGCCCGACCGCGCACTGATCGTGTCGCTGATGGTGCCGTGCATAGAGGAATCGTGGAAGTTCATCCTGCCGCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGTGAAGCTTACGCC > NC_002947/4552832‑4553130 | aTCACCGACCGCTCTCTGGAAATCAACCTGCGTGAAATCACCCAGGTGAAGAAGGACTGGCCCGACCGCGCACTGATCGTGTCGCTGATGGTGCCGTGCATAGAGGAATCGTGGAAGTTCATCCTGCCGCTGGTGGAAGCCACGGGGGcc > 1:3339308/1‑150 (MQ=255) tCACCGACCGCTCTCTGGAAATCAACCTGCGTGAAATCACCCAGGTGAAGAAGGACTGGCCCGACCGCGCACTGATCGTGTCGCTGATGGTGCCGTGCATAGAGGAATCGTGGAAGTTCATCCTGCCGCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCg > 2:506539/1‑150 (MQ=255) tCACCGACCGCTCTCTGGAAATCAACCTGCGTGAAATCACCCAGGTGAAGAAGGACTGGCCCGACCGCGCACTGATCGTGTCGCTGATGGTGCCGTGCATAGAGGAATCGTGGAAGTTCATCCTGCCGCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCg < 1:2024647/150‑1 (MQ=255) 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cgaccgCTCTCTGGAAATCAACCTGCGTGAAATCACCCAGGTGAAGAAGGACTGGCCCGACCGCGCACTGATCGTGTCGCTGATGGTGCCGTGCATAGAGGAATCGTGGAAGTTCATCCTGCCGCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATgg > 2:1916889/1‑150 (MQ=255) ccgCTCTCTGGAAATCAACCTGCGTGAAATCACCCAGGTGAAGAAGGACTGGCCCGACCGCGCACTGATCGTGTCGCTGATGGTGCCGTGCATAGAGGAATCGTGGAAGTTCATCCTGCCGCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATGGCAt > 1:2565702/1‑150 (MQ=255) cgCTCTCTGGAAATCAACCTGCGTGAAATCACCCAGGTGAAGAAGGACTGGCCCGACCGCGCACTGATCGTGTCGCTGATGGTGCCGTGCATAGAGGAATCGTGGAAGTTCATCCTGCCGCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATGGCATc < 2:5083956/150‑1 (MQ=255) ctctctGGAAATCAACCTGCGTGAAATCACCCAGGTGAAGAAGGACTGGCCCGACCGCGCACTGATCGTGTCGCTGATGGTGCCGTGCATAGAGGAATCGTGGAAGTTCATCCTGCCTCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGa < 2:1434485/150‑1 (MQ=255) tctctGGAAATCAACCTGCGTGAAATCACCCAGGTGAAGAAGGACTGGCCCGACCGCGCACTGATCGTGTCGCTGATGGTGCCGTGCATAGAGGAATCGTGGAAGTTCATCCTGCCGCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAg > 1:4827440/1‑150 (MQ=255) 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aTCCTGCCGCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTgc > 1:2953909/1‑150 (MQ=255) tCCTGCCGCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTgcg < 2:344617/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGcc > 2:887288/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCg > 1:752583/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCg > 1:3324437/1‑150 (MQ=255) tggAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGa < 2:4827440/150‑1 (MQ=255) gAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATc < 1:4501900/150‑1 (MQ=255) gAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATc < 1:3842334/150‑1 (MQ=255) gAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATc < 1:2497473/150‑1 (MQ=255) gAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCAGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATc > 2:4785606/1‑150 (MQ=255) aGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGt < 2:4287772/150‑1 (MQ=255) gCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGTg < 2:3911899/150‑1 (MQ=255) ccACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGTGa > 1:2187282/1‑150 (MQ=255) ccACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGTGa > 2:2201362/1‑150 (MQ=255) cACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGTGaa < 2:4500392/150‑1 (MQ=255) cACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGTGaa < 2:2573482/150‑1 (MQ=255) cACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGTGaa < 2:976768/150‑1 (MQ=255) ccGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGTGAAGCTTACGc < 1:409596/150‑1 (MQ=255) cGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATAtgt < 2:4692628/87‑1 (MQ=255) cGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATAtgt > 1:4692628/1‑87 (MQ=255) cGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGTGAAGCTTACGcc > 2:3675766/1‑150 (MQ=255) cGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGTGAAGCTTACGcc > 2:2550659/1‑150 (MQ=255) | ATCACCGACCGCTCTCTGGAAATCAACCTGCGTGAAATCACCCAGGTGAAGAAGGACTGGCCCGACCGCGCACTGATCGTGTCGCTGATGGTGCCGTGCATAGAGGAATCGTGGAAGTTCATCCTGCCGCTGGTGGAAGCCACGGGGGCCGATGGCATCGAGCTGAACTTCGGTTGCCCGCACGGTATGCCGGAGCGCGGCATGGGGGCGGCCGTCGGCCAGGTGCCGGAATATGTGGAAATGGTCACCCGCTGGTGCAAGACGTACTGCGCGCTGCCGGTGATCGTGAAGCTTACGCC > NC_002947/4552832‑4553130 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |