Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 295,699 | 0 | C | A | 8.6% | 498.5 / 26.4 | 159 | intergenic (+46/+96) | PP_0241/PP_0242 | transporter/TetR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/67); new base A (6/7); total (84/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TTCGGTGATTACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATACGCTTC > NC_002947/295551‑295848 | ttCGGTGATTACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACG > 1:4362323‑M1/1‑150 (MQ=255) ttCGGTGATTACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTGTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACG > 1:3676350‑M1/1‑150 (MQ=255) tCGGTGATTACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGC > 1:168824‑M1/1‑150 (MQ=255) 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aGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACaa > 2:1537140/1‑150 (MQ=255) aGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACAAGCAAGCACCAGGGTGCGCGCGGGCTctgtgggagcgggcttgccggcgaagggctgcaaagcagccccaaaaaagaaccgccgcatcacagcatggcgatagacacatcggtcg < 1:2685240‑M2/150‑90 (MQ=255) cccTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAAcc > 2:1243184/1‑150 (MQ=255) cTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgtgggagcgggcgtgccggcgaagggctgcaaagcagccccaatatcgacccgccgcatcacagcttggcgatagacacttcggtcgactt < 2:2965447‑M2/150‑94 (MQ=255) ttCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgtgggagcgggcttgcccgcgaagggctgcaaagcagccccaatatcgaccccccgcatcacagcttggcgatagacacttcggtcgacttc < 1:578823‑M2/150‑95 (MQ=255) ttCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAAccccc > 1:2025003/1‑149 (MQ=255) ttCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCa > 2:3238058/1‑150 (MQ=255) cGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCGGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGa < 2:4835241/150‑1 (MQ=255) ccGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATa < 2:3072732/150‑1 (MQ=255) ACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATACGCtt > 2:4878467‑M1/1‑150 (MQ=255) cGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATACGCTTc < 1:2094051/150‑1 (MQ=255) | TTCGGTGATTACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATACGCTTC > NC_002947/295551‑295848 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |