| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,671,700 | G→A | 5.8% | V22M (GTG→ATG) ‡ | nuoN → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit N |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,671,700 | 0 | G | A | 5.8% | 421.7 / 9.1 | 136 | V22M (GTG→ATG) ‡ | nuoN | NADH‑quinone oxidoreductase subunit N |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/51); new base A (3/5); total (80/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
ACCTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGACAA > NC_002947/4671555‑4671848 | ccTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtggtg < 1:2880246/150‑1 (MQ=255) ctctGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtggtgg < 2:2341165/150‑1 (MQ=255) ctctGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtggtgg < 2:5109356/150‑1 (MQ=255) tctGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtggtggt > 2:1316624/1‑150 (MQ=255) tctGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtggtggt < 2:4672730/150‑1 (MQ=255) tGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGa < 1:122496/150‑1 (MQ=255) gccgccACCATGAGTTGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCAACACCACGGTGGTGGTGAt < 2:1213269/150‑1 (MQ=255) gccgccACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGAt < 1:2785676/150‑1 (MQ=255) 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caccaTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCGTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACCCTTCCTCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCCTCACCACGGTGGTGGTGATGCTgg < 2:3831342/150‑1 (MQ=255) caccaTGAGTGGGGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCAGCATCACCCCCACCGTGGTGAtggtgg < 2:2598591/150‑1 (MQ=255) accaTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGc > 1:3461595/1‑150 (MQ=255) ccaTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCAGCATCACCACCACCGTGGTGAtggtggtg < 1:1038260/150‑3 (MQ=255) caTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGa > 1:2118373/1‑150 (MQ=255) 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ccGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCg > 1:1460969/1‑150 (MQ=255) aggcgATCGCCAGCATCACCACCACCGTGGTGATGGTGGTGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTca > 2:4247757/5‑150 (MQ=37) tcgccagcaTCACCACCACCGTGGTGATGGTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGc > 2:2873134/4‑150 (MQ=255) tCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGc < 2:1054460/150‑1 (MQ=255) ccagcaTCACCACCACCGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGa > 2:1678036/1‑150 (MQ=255) ccaccaTCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGa < 1:4834105/150‑1 (MQ=255) caccaTCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGag > 2:1176011/1‑149 (MQ=255) caccaTCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGAt < 1:768858/150‑1 (MQ=255) accaTCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCACTGGCGGTCACATCGCTGATc < 1:1316624/150‑1 (MQ=255) accaTCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCACTGGCGGTCACATCGCTGATc < 1:1316710/150‑1 (MQ=255) ccaTCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCa < 1:4700430/150‑1 (MQ=255) ccaTCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCa > 2:717234/1‑150 (MQ=255) caTCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCAc > 2:3496749/1‑150 (MQ=255) aTCACCACCGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCAcc < 1:582927/150‑1 (MQ=255) tCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCa > 2:1817906/1‑150 (MQ=255) accacGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATc > 1:4871777/1‑150 (MQ=255) cacGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGa > 1:3255850/1‑150 (MQ=255) cacGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGa < 2:275584/150‑1 (MQ=255) cacGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGa > 2:1539993/1‑150 (MQ=255) acGGTGGTGGTGATGCAGGCGATCGCCTGGAAGCGTAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGAc > 2:843963/1‑150 (MQ=255) ggtggtggtGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGACaa < 1:1970978/150‑1 (MQ=255) | ACCTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGACAA > NC_002947/4671555‑4671848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |