Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,995,585 | T→C | 6.4% | L100P (CTG→CCG) ‡ | bkdAB → | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,995,585 | 0 | T | C | 6.4% | 529.6 / 16.6 | 170 | L100P (CTG→CCG) ‡ | bkdAB | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (83/76); new base C (5/6); total (88/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 |
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GGCAAATCGCGCGTGTTCGACGCGCCCATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGAT > NC_002947/4995437‑4995732 | gCAAATCGCGCGTGTTCGACGCGCCCATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTgg < 1:3603804/150‑1 (MQ=255) gCAAATCGCGCGTGTTCGACGCGCCCATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTgg > 1:3088286/1‑150 (MQ=255) gCAAATCGCGCGTGTTCGACGCGCCCATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTgg < 2:3329538/150‑1 (MQ=255) aaaTCGCGCGTGTTCGACGCGCCCATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGcc > 1:4249204/1‑150 (MQ=255) aaTCGCGCGTGTTCGACGCGCCCATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGccc < 2:1674264/150‑1 (MQ=255) cgcgcgTGTTCGACGCGCCCATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGcc < 2:2198497/150‑1 (MQ=255) cgcgcgTGTTCGACGCGCCCATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGcc < 2:3969803/150‑1 (MQ=255) gcgcgTGTTCGACGCGCCCATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCt > 1:4101526/1‑150 (MQ=255) 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cccGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCAc > 1:4670030/1‑150 (MQ=255) cGGCCTATGACCAGATCGTCTCGGAAGCGGCGCGCTTGCGCTATCGTTCGGCGGGTGAATTTACATGCCCTCTGGTGATCCGTATGCCGTCAGGCGGCGGCATCTATGGCGGGCAGACACACAGCCAGAGCCCGGAGGCGCTTTTCAccc > 1:2017743/1‑150 (MQ=255) gCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAg < 1:4293393/150‑1 (MQ=255) cTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGTTGTTCACCCAGgt < 2:661444/150‑1 (MQ=255) cTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGgt < 2:3567172/150‑1 (MQ=255) tCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGAGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGgtg > 2:3072271/1‑150 (MQ=255) cGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGtgtg < 1:280815/150‑1 (MQ=255) cGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGtgtg > 1:776551/1‑150 (MQ=255) cGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACACAGGtgtg > 2:1352952/1‑150 (MQ=255) aCCAGATCGTCTCGGAAGCGGCGCGCTTGCGCTATCGTTCGGCGGGTGAATTTACATGCCCTCTGGTGATCCGTATGCCGTCAGGCGGCGGCATCTATGGCGGGCAGACACACAGCCAGAGCCCGGAGGCGCTTTTCACCCATgtttcgg < 2:1172034/150‑6 (MQ=255) aCCAGATCGTCTCGGAAGCGGCGCGCTTGCGCTATCGTTCGGCGGGTGAATTTACATGCCCTCTGGTGATCCGTATGCCGTCAGGCGGCGGCATCTATGGCGGGCAGACACACAGCCAGAGCCCGGAGGCGCTTTTCACCCATgtttcgg < 2:5016162/150‑6 (MQ=255) aGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGcc < 1:2377351/150‑1 (MQ=255) tcCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCAcc > 2:1091820/1‑150 (MQ=255) tcCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCAcc > 1:4434922/1‑150 (MQ=255) tcCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCAcc > 1:599638/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCAGTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGCGCAGGCCGCACAcctgg < 2:3431441/150‑4 (MQ=255) gCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGAt < 2:128869/150‑1 (MQ=255) | GGCAAATCGCGCGTGTTCGACGCGCCCATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGAT > NC_002947/4995437‑4995732 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |