Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,995,613 | C→T | 6.9% | G109G (GGC→GGT) | bkdAB → | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,995,613 | 0 | C | T | 6.9% | 479.4 / 17.8 | 158 | G109G (GGC→GGT) | bkdAB | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (70/77); new base T (5/6); total (75/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
ATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCT > NC_002947/4995464‑4995762 | aTCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTcggccggc < 1:2759034/150‑1 (MQ=255) aTCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTcggccggc < 1:3242831/150‑1 (MQ=255) aTCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTcggccggc > 1:1742710/1‑150 (MQ=255) 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tcCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCAcc > 1:4434922/1‑150 (MQ=255) cGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGt > 2:4867128/1‑150 (MQ=255) ggCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGcc < 2:2040264/150‑1 (MQ=255) ccGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTc > 2:1373562/1‑150 (MQ=255) tGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAAcc < 2:4249204/150‑1 (MQ=255) 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tACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTAt < 2:4267346/150‑1 (MQ=255) tACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTAt < 1:1284828/150‑1 (MQ=255) tACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTAt < 1:4179382/150‑1 (MQ=255) tACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCACGCTGACCCTGATAATGCCTTGCGGCGGCTGCAACAATGGCGTCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACAAAGGTGTGCGGACAGCTCACCGAGAGGCCGACCAAACCATaa > 1:1395863/1‑149 (MQ=255) cGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGAc > 2:2527665/1‑150 (MQ=255) gccggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCTTCTATGGCTGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGTTGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCaaa < 2:3795084/150‑1 (MQ=255) ggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGc > 1:2694364/1‑150 (MQ=255) | ATCTCCGAGAGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCT > NC_002947/4995464‑4995762 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |