Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,995,622 | T→A | 6.7% | I112I (ATT→ATA) ‡ | bkdAB → | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,995,622 | 0 | T | A | 6.7% | 541.6 / 19.7 | 165 | I112I (ATT→ATA) ‡ | bkdAB | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/88); new base A (5/6); total (70/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
AGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGC > NC_002947/4995473‑4995771 | agCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCAtt < 1:4607658/150‑1 (MQ=255) agCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCAtt < 1:3933201/150‑1 (MQ=255) agCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCAtt < 1:2126525/150‑1 (MQ=255) cGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGc < 1:966098/150‑1 (MQ=255) cGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGc < 1:4948026/150‑1 (MQ=255) ggCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGcc < 2:392689/150‑1 (MQ=255) gCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGccc < 1:1706394/150‑1 (MQ=255) cATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGcccc > 2:1237090/1‑150 (MQ=255) 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gtcgGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGCCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTg > 1:251984/1‑150 (MQ=255) tcgGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGa < 2:1135061/150‑1 (MQ=255) tcgGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGa > 2:1072191/1‑150 (MQ=255) aCCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTg > 2:3054941/1‑150 (MQ=255) ccgccgTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTgc < 2:3110205/150‑1 (MQ=255) 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tcCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCAcc > 2:1091820/1‑150 (MQ=255) cGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGt > 2:4867128/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCAGTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGCGCAGGCCGCACAcctgg < 2:3431441/150‑4 (MQ=255) gCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGAt < 1:3875347/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCCGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGAt > 2:1479400/1‑150 (MQ=255) 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gTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCtt < 1:3123017/150‑1 (MQ=255) ttACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTa > 1:1946922/1‑150 (MQ=255) ttACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTa > 1:32199/1‑150 (MQ=255) tACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTAt < 1:1284828/150‑1 (MQ=255) tACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTAt < 1:4179382/150‑1 (MQ=255) tACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTAt < 2:4267346/150‑1 (MQ=255) cGTTCGGCCGGCGAGTTCGTTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGAc < 2:1742710/150‑1 (MQ=255) cGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGAc > 2:2527665/1‑150 (MQ=255) gcctgcGATTTCTTTGACCCTCTGACACTGCTCATGACTTGGGGCGGCGGCTTCTATGGCGGCCAGTCTATCAGCCAGCGCGCGGAAGCGTTGTTCACGCATGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCaaa < 1:117516/150‑1 (MQ=255) gccggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCTTCTATGGCTGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGTTGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCaaa < 2:3795084/150‑1 (MQ=255) gAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTg < 2:3229579/150‑1 (MQ=255) aGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGt < 1:661287/150‑1 (MQ=255) aGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGt < 2:4061781/150‑1 (MQ=255) aGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGt < 1:4396490/150‑1 (MQ=255) gTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGtt < 1:4414349/150‑1 (MQ=255) gTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGtt < 1:4192574/150‑1 (MQ=255) cATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGAt < 1:1642412/150‑1 (MQ=255) | AGCGGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGC > NC_002947/4995473‑4995771 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |