| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,098,259 | 0 | A | C | 5.9% | 485.7 / 3.2 | 181 | P159P (CCT→CCG) | argT | lysine/arginine/ornithine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (81/84); new base C (2/13); total (83/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
TTGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGA > NC_002947/5098110‑5098406 | ttGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTaa > 2:3130837/1‑150 (MQ=255)ttGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTaa > 1:4456055/1‑150 (MQ=255) ggCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAgg < 1:3300438/150‑1 (MQ=255) 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ggTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGt > 2:3248302/1‑150 (MQ=255) gTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTc > 1:4692338/1‑150 (MQ=255) gTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTc > 2:3205047/1‑150 (MQ=255) tAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTcc < 2:4456055/150‑1 (MQ=255) gATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTACACGCCGATCTTCTTGTCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCtt > 1:382914/1‑150 (MQ=255) aTTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTc < 2:1276069/150‑1 (MQ=255) ttCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCAt < 2:3249992/150‑1 (MQ=255) gTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAc < 2:4525706/150‑1 (MQ=255) gTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAc < 1:2164956/150‑1 (MQ=255) caccgtggTGCCTTACGGCACCCCGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTATCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAc > 2:3969468/7‑150 (MQ=255) caccgtggTGCCTTACGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAc > 2:2119135/7‑150 (MQ=255) ttCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAcc > 1:1607239/1‑150 (MQ=255) tCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCa < 2:448783/150‑1 (MQ=255) cggggTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTGGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGCTCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAg < 2:102208/148‑1 (MQ=255) ccGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGcc < 1:4519887/150‑1 (MQ=255) tAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGa < 1:249072/150‑1 (MQ=255) | TTGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGA > NC_002947/5098110‑5098406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |