| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,160,723 | C→G | 5.0% | A283A (GCC→GCG) | PP_4542 → | ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,160,723 | 0 | C | G | 5.0% | 468.2 / 11.0 | 139 | A283A (GCC→GCG) | PP_4542 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/70); new base G (2/5); total (64/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TGAAGCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGCCTGGTGATCCGCATCGTCAACATGTCGGGCTGGATCATGTGGGTGGTCAACGGCATCTTCGAGAACATCGGCATGGT > NC_002947/5160578‑5160872 | tGAAGCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGccacca < 1:1714086/150‑1 (MQ=255) aGCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCg < 2:1250190/150‑1 (MQ=255) aGCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCg < 2:2899439/150‑1 (MQ=255) gCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTGGCGaccaccag < 2:169353/150‑3 (MQ=255) gCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCgg > 1:4259393/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCgg > 1:1681172/1‑150 (MQ=255) gTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCCGGTGGTGGCGACCACCAGcag < 2:205274/150‑3 (MQ=255) ttCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCtt < 1:3890357/150‑1 (MQ=255) ttCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCtt > 1:2931831/1‑150 (MQ=255) cccATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGccc > 1:2607221/1‑150 (MQ=255) tACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCctgtg > 2:2953994/1‑150 (MQ=255) tACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCctgtg < 1:1265709/150‑1 (MQ=255) cGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCctgtggct > 1:203417/1‑150 (MQ=255) 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cgcgAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATc > 2:231638/1‑150 (MQ=255) gcgAGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCg > 1:319042/1‑150 (MQ=255) aCCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGcc > 1:856614/1‑150 (MQ=255) ccGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCa < 2:4576574/150‑1 (MQ=255) gagaAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACt > 1:4708413/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |