| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,229,249 | C→G | 6.0% | A594P (GCA→CCA) | PP_4606 ← | ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,229,249 | 0 | C | G | 6.0% | 501.5 / 16.4 | 151 | A594P (GCA→CCA) | PP_4606 | ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/65); new base G (4/5); total (81/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
ATTGCTGTAGACCGTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGAT > NC_002947/5229100‑5229396 | aTTGCTGTAGACCGTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGc > 2:446672/1‑150 (MQ=255) cTGTAGACCGTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCAcc < 2:3895519/150‑1 (MQ=255) cTGTAGACCGTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCAcc > 2:2004665/1‑150 (MQ=255) 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ccGTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAAGGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTC‑GGTGGCACCTgaggagg < 2:2873946/150‑2 (MQ=255) tctcGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTCGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGa > 2:2490671/1‑150 (MQ=255) gCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCAc > 2:4908038/1‑150 (MQ=255) gCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCAc > 2:3757182/1‑150 (MQ=255) gCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCAc > 2:2157689/1‑150 (MQ=255) 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ttGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTg > 2:4799847/1‑150 (MQ=255) tGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTgg < 1:2112804/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTggg < 1:3812397/150‑1 (MQ=255) cgcTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGc < 2:839136/150‑1 (MQ=255) cgcTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGc < 2:838989/150‑1 (MQ=255) 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ttGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAg < 1:3994212/150‑1 (MQ=255) ttGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAg < 1:1666133/150‑1 (MQ=255) gactcctc‑GGTGGCACCTGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGcc > 1:767955/3‑150 (MQ=255) gactcctc‑GGTGGCACCTGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGcc > 2:2359075/3‑150 (MQ=255) cccTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGcc > 2:3708578/1‑150 (MQ=255) 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gTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGa > 2:1643844/1‑150 (MQ=255) tGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGAt > 1:3349601/1‑150 (MQ=255) | ATTGCTGTAGACCGTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGAT > NC_002947/5229100‑5229396 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |