| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,270,482 | C→G | 21.3% | T366T (ACC→ACG) | PP_4643 → | xanthine/uracil permease family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,270,482 | 0 | C | G | 21.3% | 393.5 / 106.0 | 174 | T366T (ACC→ACG) | PP_4643 | xanthine/uracil permease family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/83); new base G (20/17); total (74/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
TGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGA > NC_002947/5270334‑5270627 | ggCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGt > 1:3799716/1‑150 (MQ=255) ggCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGt < 1:318149/150‑1 (MQ=255) gCCGTAACCGGCGTGAAAAGCCGTTATGTGGTGGCAACGGGCGGTCTTATTCTGATCACACTCGGTCTTCTGCCTGTAATGGGACGGGTGATTGCCTGTGTTCCGCCAGCAGTGCTGGGTGGTGCCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGtt > 1:3356170/1‑149 (MQ=255) 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tgcCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTAccatca < 2:848947/149‑1 (MQ=255) ggTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTc < 2:1806056/150‑1 (MQ=255) gTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTcc < 2:2663985/150‑1 (MQ=255) gTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTcc > 1:3454581/1‑150 (MQ=255) cGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGaa < 1:2624323/150‑1 (MQ=255) tGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCTGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACt > 1:4236771/1‑150 (MQ=255) tGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCggcct > 1:1697375/1‑146 (MQ=255) gCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTg < 1:2332768/150‑1 (MQ=255) gCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCggcctg < 2:3131713/150‑6 (MQ=255) tGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGt < 2:2064861/150‑1 (MQ=255) tGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGt > 2:2976275/1‑150 (MQ=255) gTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGtt > 1:664868/1‑150 (MQ=255) ttCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTc < 2:3167839/150‑1 (MQ=255) ttCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCAGAACTGGTTc > 1:1633209/1‑150 (MQ=255) gCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCgaga < 2:4872465/150‑1 (MQ=255) gCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAAAGTCAAACTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCgaga < 1:2744090/150‑1 (MQ=255) | TGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGA > NC_002947/5270334‑5270627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |