Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,270,539 | C→T | 24.1% | N385N (AAC→AAT) | PP_4643 → | xanthine/uracil permease family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,270,539 | 0 | C | T | 24.1% | 327.3 / 112.2 | 183 | N385N (AAC→AAT) | PP_4643 | xanthine/uracil permease family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/74); new base T (25/19); total (89/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
GTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCCTGCTGAACCTGATC > NC_002947/5270390‑5270686 | gtggtACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAAc < 2:4380798/150‑1 (MQ=255) cacaCTCGGTCTTCTGCCTGTAATGGGACGGGTGATTGCCTGTGTTCCGCCAGCAGTGCTGGGTGGTGCCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCt < 1:2603116/147‑1 (MQ=255) aCTCGGTCTTCTGCCTGTAATGGGACGGGTGATTGCCTGTGTTCCGCCAGCAGTGCTGGGTGGTGCCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGat > 2:3187726/1‑150 (MQ=255) aCTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCTTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGat > 2:1159488/1‑150 (MQ=255) aCTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGat > 1:1668128/1‑150 (MQ=255) aCTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGat > 2:4526020/1‑150 (MQ=255) cTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGatc < 1:4059281/150‑1 (MQ=255) tCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGatca > 2:713279/1‑150 (MQ=255) tCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGatca > 2:4947319/1‑150 (MQ=255) ggCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGatcatc > 1:2798037/1‑150 (MQ=255) ggCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGatcatc > 1:4856913/1‑150 (MQ=255) gCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCAtcg > 2:4661375/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCAtcgtc < 2:2532517/150‑1 (MQ=255) ttctgcCTGTAATGGGACGGGTGATTGCCTGTGTTCCGCCAGCAGTGCTGGGTGGTGCCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCAttgtgg > 1:1344580/3‑148 (MQ=255) tctgcCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTcgc < 2:2875540/149‑1 (MQ=255) tgcCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCgg > 1:2460541/1‑150 (MQ=255) ccAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGcc > 1:1997780/1‑150 (MQ=255) tCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGc < 1:3172046/150‑1 (MQ=255) 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ccTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGcc > 1:3110636/1‑150 (MQ=255) ccTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGcc < 2:4558170/150‑1 (MQ=255) cTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCg < 1:3284562/150‑1 (MQ=255) tACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGc > 2:614301/1‑150 (MQ=255) ccccGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCAc > 1:1202518/1‑150 (MQ=255) 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cAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGag > 2:3028709/1‑149 (MQ=255) aaaGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGTTTGAAACCATTTTTCATTCAGGCATCAGCTCcgctgcatt > 1:3846870/2‑147 (MQ=255) aaaGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGTTTGAAACCATTTTTCATTCAGGCATCAGCTCcgctgcatt > 1:391452/2‑147 (MQ=255) aaGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGTTTGAAACCATTTTTCATTCAGGCATCAGCTCcgctgcattg < 2:164160/150‑5 (MQ=255) gTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATg < 1:114966/150‑1 (MQ=255) tCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATgg < 2:2029429/150‑1 (MQ=255) tCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATgg > 2:717293/1‑150 (MQ=255) cAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGc > 2:2444628/1‑150 (MQ=255) cTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCAt > 1:4167331/1‑150 (MQ=255) cTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCAt > 2:2264448/1‑150 (MQ=255) tatcaGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGTTTGAAACCATTTTTCATTCAGGCATCAGCTCCGCTGCATTGATGGCAATc > 1:2261196/5‑150 (MQ=255) tACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATc < 1:4947319/150‑1 (MQ=255) aCAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATcc > 1:2057203/1‑150 (MQ=255) tcaGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGTTTGAAACCATTTTTCATTCAGGCATCAGCTCCGCTGCATTGATGGCAATcgc > 2:2916940/3‑148 (MQ=255) aaGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCctg > 1:2097230/1‑150 (MQ=255) aGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGTTTGAAACCATTTTTCATTCAGGCATCAGCTCCGCTGCATTGATGGCAATcgcgc < 1:2140708/150‑5 (MQ=255) aGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGTTTGAAACCATTTTTCATTCAGGCATCAGCTCCGCTGCATTGATGGCAATcgcgc < 1:2140693/150‑5 (MQ=255) aGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTATACCATCAGTTCCCGGCCTGGTTTGAAACCATTTTTCATTCAGGCATCAGCTCCGCTGCATTGATGGCAATcgcgc < 1:4743937/150‑5 (MQ=255) acaacGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCCTGCTGa < 1:828671/150‑1 (MQ=255) acGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCCTGCTGAAcc < 1:4840785/150‑1 (MQ=255) acGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCCTGCTGAAcc < 2:1468110/150‑1 (MQ=255) aaCCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCCTGCTGAACCTGATc > 1:765057/1‑150 (MQ=255) | GTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCCTGCTGAACCTGATC > NC_002947/5270390‑5270686 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |