| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,828 | G→T | 30.3% | intergenic (‑75/+54) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,828 | 0 | G | T | 30.3% | 132.5 / 62.0 | 79 | intergenic (‑75/+54) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/27); new base T (16/8); total (44/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCT > NC_002947/337679‑337975 | ctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAg < 2:532794/150‑1 (MQ=255) gTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGtt < 2:2426929/150‑1 (MQ=255) gTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGtt < 2:4505237/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggtggtTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTg < 2:517688/92‑1 (MQ=255) gtggtgTTTTGGTGGGCCTGTTGGGGGGCCGGCCCGCTCCCACTGTTTTCGCGCC‑AATTTCAGGGTTGGCGCTACACCTGTGGGCGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCa < 2:695003/150‑1 (MQ=255) gtggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTAAACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAgcg > 2:4159012/1‑150 (MQ=255) gtggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACACGTATAGCGCC‑CCATTCAAGGTTGGCGCTACACCGGTGGGAGCCGGCGTGCCCCCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCACCGGCCGTGGCCGGCATCCACGCGCCACCAgcg > 2:4389404/1‑150 (MQ=38) ctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGCGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCCGCTTGAAg > 2:2941247/1‑150 (MQ=17) tCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGcc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |