| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 385,478 | 0 | A | C | 7.8% | 333.7 / 5.9 | 114 | intergenic (+15/+20) | PP_0320/ltaE | methyl‑accepting chemotaxis transducer/low specificity l‑threonine aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/41); new base C (2/9); total (64/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.01e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
AACCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGCCCCGC > NC_002947/385329‑385627 | aaCCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCa > 2:1530531/1‑150 (MQ=255)aaCCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCa > 1:2512909/1‑150 (MQ=255) cGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcgg > 2:2921177/1‑150 (MQ=255) ggACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGCCCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcggc < 2:1409836/150‑1 (MQ=255) ggACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcggc < 1:555969/150‑1 (MQ=255) ggACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcggc < 2:4022203/150‑1 (MQ=255) gACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcggcg > 2:1794056/1‑150 (MQ=255) cGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACggcggc < 2:3377396/150‑1 (MQ=255) 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gagaCGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCg > 1:4375095/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGGGGAGGTGCATGGGTGCCGCGTGGTGTGCCAGGGGTTGGGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCTTTTGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCCGGGGCCGCCCGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGc < 1:1973712/150‑1 (MQ=255) cggcggcggAGGTGCACGGGTGCCGCGAGGAGGGCCAGGCGTGGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCCCGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCg < 2:4889384/150‑1 (MQ=255) cggcggcggAGGTGCAAGGGTGCCGCGCGGAGGGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGAGGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCg < 2:4889308/150‑1 (MQ=255) ggAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATcc > 2:2157841/1‑150 (MQ=255) 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tctAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGaa < 2:3897758/150‑1 (MQ=255) tctAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGaa > 1:3009126/1‑150 (MQ=255) ttgATCGCCGGGGCCGCAGGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgc < 1:934450/148‑1 (MQ=255) tAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgc > 2:3410795/1‑150 (MQ=255) tAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgc > 1:660567/1‑150 (MQ=255) tAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgc > 1:336185/1‑150 (MQ=255) tggctggggCCGCAGGGGGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCa < 1:4352166/145‑1 (MQ=255) agccggggCCGCCGTGCGGCCCCTGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATACGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAg > 2:1257073/5‑150 (MQ=255) gccggggCCGCCGTGCGGCCCCTGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGc > 1:3003631/4‑150 (MQ=255) gCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGc > 1:3135030/1‑150 (MQ=255) gCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGc > 2:39337/1‑150 (MQ=255) ggCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGcaggcg < 2:2083154/150‑6 (MQ=255) gCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGc < 2:4667012/150‑1 (MQ=255) cGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGccc > 1:261348/1‑150 (MQ=255) gCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGcccc > 1:2767526/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGCCCCGc > 1:1802547/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGCCCCGc > 1:2479804/1‑150 (MQ=255) | AACCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGCCCCGC > NC_002947/385329‑385627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |