| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,448,259 | T→G | 11.9% | L145R (CTG→CGG) | thiE → | thiamine‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,448,259 | 0 | T | G | 11.9% | 279.4 / 2.2 | 144 | L145R (CTG→CGG) | thiE | thiamine‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/45); new base G (14/7); total (89/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CTCGGCCGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTCA > NC_002947/5448111‑5448408 | tCGGCCGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGTCGGCCTGc < 2:2663606/150‑1 (MQ=255) cGGCCGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCGACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATGCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGTcggccggcg > 1:394675/1‑149 (MQ=255) ggCCGTCTGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGTCGGCCTGCTc < 1:3086109/150‑1 (MQ=255) 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ctcccAACGCCGGCCACCTCCCCCAGCCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACACCGCCGCCCCACTGGTCGCCAACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACa < 1:1399660/147‑1 (MQ=255) cgcccACCGTCGGCCTGCTCGCGCCGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACa < 2:2188788/147‑1 (MQ=255) cTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACa > 1:2690890/1‑150 (MQ=255) cTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATAGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACAGGTCGCCCACCGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACa > 1:2690893/1‑150 (MQ=255) ccAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAgcg > 2:134029/1‑150 (MQ=255) ccggcGGCCTGCGCGCGCCGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAgcgcgc < 1:1604358/146‑1 (MQ=255) aCGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAgcgcgc > 1:406659/1‑150 (MQ=255) gggCCTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGa > 2:4513773/2‑150 (MQ=255) ggCCTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGaa < 1:2973136/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAg > 2:5071817/1‑150 (MQ=255) gCCTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAg > 2:1410587/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATTACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTc > 2:1066602/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTc > 2:1066717/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTc > 1:3353975/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTc > 2:5112960/1‑150 (MQ=255) tGCTCGCGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTCa < 2:1749733/150‑1 (MQ=255) tGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTCa < 2:3825944/150‑1 (MQ=255) | CTCGGCCGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCC‑CGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTCA > NC_002947/5448111‑5448408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |