| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,494,900 | G→A | 6.8% | H362H (CAC→CAT) | cobJ ← | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,494,900 | 0 | G | A | 6.8% | 490.1 / 17.5 | 161 | H362H (CAC→CAT) | cobJ | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (84/66); new base A (2/9); total (86/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGACC > NC_002947/5494751‑5495049 | tCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGgtgcag > 2:3010281/1‑150 (MQ=255) cGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGgtgcagt < 2:2450634/150‑1 (MQ=255) gCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGgtgcagtg > 1:2701320/1‑150 (MQ=255) 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ttCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCcgcg > 1:2585411/1‑150 (MQ=255) gAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGaa > 2:1806881/1‑150 (MQ=255) aGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAAc < 2:1359846/150‑1 (MQ=255) aGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAAc < 2:980813/150‑1 (MQ=255) gCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGACCg > 1:187336/1‑150 (MQ=255) 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ttCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGcc > 1:1478125/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGcc > 1:3877245/1‑150 (MQ=255) gcgGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGAt < 2:494656/150‑1 (MQ=255) ggTTGTCGGTGCAGTGCAGAACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCAGCCGCACCTGGGCCAAGGCCGATGa > 2:1518099/1‑150 (MQ=255) ggTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAg < 2:1969342/150‑1 (MQ=255) 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agtgcagCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGAc > 1:3992786/1‑150 (MQ=255) gtgcagCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGAcc < 2:373807/150‑1 (MQ=255) | TCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTCGGCCTGCGCAAGTTCGGCCTTGACCGCCGGCACCATCAGTTCCGCCGCACCAGGGCCAAGGCCGATGACCGCCAGGCGACC > NC_002947/5494751‑5495049 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |