| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,589,788 | G→T | 6.6% | R445S (CGC→AGC) | parE ← | DNA topoisomerase IV subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,589,788 | 0 | G | T | 6.6% | 657.6 / 25.4 | 198 | R445S (CGC→AGC) | parE | DNA topoisomerase IV subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/87); new base T (4/9); total (102/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GGCGAGGATGCAGATCTTGCCATAGCGCAGCTGCGCAAGGTCGGTTGCACCCGGATCGACGCCAATGGCCACGGCAATGTTGTGCACTTCCTGGCTGGCCAGGACTTCG‑CCCCCGTCCACTTCCCAGGTGTTGAGGATCTTGCCGCGCAGCGGCAGGATGGCCTGGAATTCCTTGTCCCGCGCCTGCTTGGCCGAACCACCGGCCGAGTCACCCTCGACGAGGAACAACTCGGCACGCATCGGGTCCTGGCCTGCACAATCGGCCAGCTTGCCGGGCAATGCCGGGCCCTGGGTGA > NC_002947/5589642‑5589937 | ggCGAGGATGCAGATCTTGCCATAGCGCAGCTGCGCAAGGTCGGTTGCACCCGGATCGACGCCAATGGCCACGGCAATGTTGTGCACTTCCTGGCTGGCCAGGACTTCGCCCCCCGTCCACTTCCCAGGTGTTGAGGATCTTGCCGCGCa < 1:1986812/150‑1 (MQ=255) gCGAGGATGCAGATCTTGCCATAGCGCAGCTGCGCAAGGTCGGTTGCACCCGGATCGACGCCAATGGCCACGGCAATGTTGTGCACGTCCTGGCTGGCCAGGACTTCG‑CCCCCGTCCACTTCCCAGGTGTTGAGGATCTTGCCGCGCAGc < 2:3549277/150‑1 (MQ=255) gATGCAGATCTTGCCATAGCGCAGCTGCGCAAGGTCGGTTGCACCCGGATCGACGCCAATGGCCACGGCAATGTTGTGCACTTCCTGGCTGGCCAGGACTTCG‑CCCCCGTCCACTTCCCAGGTGTTGAGGATCTTGCCGCGCAGCGGCAg > 2:2050782/1‑150 (MQ=255) 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ggccaTCCTGCCGCTGCGCGGCAAGATGGCCTGGAATTCCTTGTCCCGCGCCTGCTTGGCCGAACCACCGGCCGAGTCACCCTCGACGAGGAACAACTCGGCACGCATCGGGTCCTGGCCTGCACAATCGGCCAGCTTGCCGGGCAATGc > 2:4398665/5‑150 (MQ=255) ggccaTCCTGCCGCTGCGCGGCAAGATGGCCTGGAATTCCTTGTCCCGCGCCTGCTTGGCCGAACCACCGGCCGAGTCACCCTCGACGAGGAACAACTCGGCACGCATCGGGTCCTGGCCTGCACAATCGGCCAGCTTGCCGGGCAATGc > 1:1536838/5‑150 (MQ=255) gAGGATCTTGCCGCGCAGCGGCAGGATGGCCTGGAATTCCTTGTCCCGCGCCTGCTTGGCCGAACCACCGGCCGAGTCACCCTCGACGAGGAACAACTCGGCACGCATCGGGTCCTGGCCTGCACAATCGGCCAGCTTGCCGGGCAATGc > 2:586287/1‑150 (MQ=255) gAGGATCTTGCCGCGCAGCGGCAGGATGGCCTGGAATTCCTTGTCCCGCGCCTGCTTGGCCGAACCACCGGCCGAGTCACCCTCGACGAGGAACAACTCGGCACGCATCGGGTCCTGGCCTGCACAATCGGCCAGCTTGCCGGGCAATGc > 1:686428/1‑150 (MQ=255) aGGATCTTGCCGCGCAGCGGCAGGATGGCCTGGAATTCCTTGTCCCGCGCCTGCTTGGCCGAACCACCGGCCGAGTCACCCTCGACGAGGAACAACTCGGCACGCATCGGGTCCTGGCCTGCACAATCGGCCAGCTTGCCGGGCAATGcc > 1:1170006/1‑150 (MQ=255) ggATCTTGCCGCGCAGCGGCAGGATGGCCTGGAATTCCTTGTCCCGCGCCTGCTTGGCCGAACCACCGGCCGAGTCACCCTCGACGAGGAACAACTCGGCACGCATCGGGTCCTGGCCTGCACAATCGGCCAGCTTGCCGGGCAATGCCg < 1:2350382/150‑1 (MQ=255) gATCTTGCCGCGCAGCGGCAGGATGGCCTGGAATTCCTTGTCCCGCGCCTGCTTGGCCGAACCACCGGCCGAGTCACCCTCGACGAGGAACAACTCGGCACGCATCGGGTCCTGGCCTGCACAATCGGCCAGCTTGCCGGGCAATGCCgg > 1:2674119/1‑150 (MQ=255) gATCTTGCCGCGCAGCGGCAGGATGGCCTGGAATTCCTTGTCCCGCGCCTGCTTGGCCGAACCACCGGCCGAGTCACCCTCGACGAGGAACAACTCGGCACGCATCGGGTCCTGGCCTGCACAATCGGCCAGCTTGCCGGGCAATGCCgg > 1:3613422/1‑150 (MQ=255) gATCTTGCCGCGCAGCGGCAGGATGGCCTGGAATTCCTTGTCCCGCGCCTGCTTGGCCGAACCACCGGCCGAGTCACCCTCGACGAGGAACAACTCGGCACGCATCGGGTCCTGGCCTGCACAATCGGCCAGCTTGCCGGGCAATGCCgg > 2:331678/1‑150 (MQ=255) aTCCTGCCGCTGCGCGGCAAGATGGCCTGGAATTCCTTGTCCCGCGCCTGCTTGGCCGAACCACCGGCCGAGTCACCCTCGACGAGGAACAACTCGGCACGCATCGGGTCCTGGCCTGCACAATCGGCCAGCTTGCCGGGCAATGCCggg > 2:1012246/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |