| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 93,027 | G→A | 9.2% | V189V (GTC→GTT) | trpB ← | tryptophan synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 93,027 | 0 | G | A | 9.2% | 500.0 / 30.1 | 173 | V189V (GTC→GTT) | trpB | tryptophan synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (87/70); new base A (5/11); total (92/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
GCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGAT > NC_002947/92880‑93176 | gCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGAc > 2:2298603/1‑150 (MQ=255)gCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGAc < 2:1149838/150‑1 (MQ=255)gCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGAc > 2:4869592/1‑150 (MQ=255) 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ttCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTa > 1:1406406/1‑150 (MQ=255) | GCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGAT > NC_002947/92880‑93176 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |