Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,634,828 | C→T | 9.7% | N795N (AAC→AAT) | putA → | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,634,828 | 0 | C | T | 9.7% | 531.6 / 34.3 | 186 | N795N (AAC→AAT) | putA | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (78/90); new base T (10/8); total (88/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GACTTCCTGCGCTACTACGCGGTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCGGCCTGGTCGGAGACGAGC > NC_002947/5634679‑5634976 | gACTTCCTGCGCTACTACGCGGTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAAc > 1:4523072/1‑150 (MQ=255) ccTGCGCTACTACGCGGTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGt < 2:3132480/150‑1 (MQ=255) tGCGCTACTACGCGGTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTAc > 1:3778457/1‑150 (MQ=255) cgcTACTACGCGGTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTg < 2:3063929/150‑1 (MQ=255) ctactaCGCGGTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGc > 1:2412469/1‑150 (MQ=255) ctactaCGCGGTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGc > 2:4131838/1‑150 (MQ=255) tacGCGGTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCACCCCGGTACTGGCCAAg > 2:1516718/1‑150 (MQ=255) tacGCGGTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAg > 1:1403784/1‑150 (MQ=255) cgcgGTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGcc > 2:3924107/1‑150 (MQ=255) ggTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGc < 1:5063066/150‑1 (MQ=255) aGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGc > 2:2814350/1‑150 (MQ=255) ggCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCa > 1:3743860/1‑150 (MQ=255) gCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCaa > 1:4299665/1‑150 (MQ=255) cACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCaaa < 1:4029810/150‑1 (MQ=255) aaCGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCGACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCa > 2:3273196/1‑150 (MQ=255) aaCGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCCACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAAccccc > 2:3250156/1‑149 (MQ=255) aaCGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCa > 2:565944/1‑150 (MQ=255) aaCGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCa < 2:1378502/150‑1 (MQ=255) 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caccgcccacTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTg > 1:2618651/1‑150 (MQ=255) caccgcccacTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGCAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGACGCCCAGGCCGTg > 1:4207873/1‑150 (MQ=255) accgcccacTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTgc > 2:5089660/1‑150 (MQ=255) cccacTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCct < 2:853219/150‑1 (MQ=255) cccacTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCct > 1:2481290/1‑150 (MQ=255) 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gtggtgTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCt > 2:1271300/1‑150 (MQ=255) tggtgTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTg < 2:782071/150‑1 (MQ=255) tggtgTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTg < 2:1335368/150‑1 (MQ=255) tgtctgtaTCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGATTGCAGCAGCACTTGTTGCTGGCAATCCGGTTCTGGCAAAGCCTGCCGAAGAAACCCCGCTGATTGCAGCGCAGGGCGTTCGCATTCTGCACGATGCTgg < 2:3439297/143‑1 (MQ=255) gtgtGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGc < 1:4622516/150‑1 (MQ=255) 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gCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGaaa < 1:4350901/150‑1 (MQ=255) gTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCACGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTc < 2:2346269/150‑1 (MQ=255) gCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTg < 1:1801302/97‑1 (MQ=255) gCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTg > 2:1801302/1‑97 (MQ=255) gCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGt < 1:2208002/150‑1 (MQ=255) gCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGcc > 2:2604952/1‑150 (MQ=255) cAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCg < 1:1822157/150‑1 (MQ=255) cAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGACCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCg < 2:3222813/150‑1 (MQ=255) cTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCGGCCTg < 1:325405/150‑1 (MQ=255) cTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCGGCCTg < 1:325258/150‑1 (MQ=255) agggCTG‑CGGCCACCTGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCGGCCTgg > 1:3431007/3‑150 (MQ=255) gCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCGGCCTGGTCGga < 2:1568793/150‑1 (MQ=255) ccGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCGGCCTGGTCGgag > 2:1007724/1‑150 (MQ=255) ggCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCGGCCTGGTCGGAGAc > 2:3019813/1‑150 (MQ=255) cAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCGGCCTGGTCGGAGACGa < 1:1048190/150‑1 (MQ=255) aCCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCGGCCTGGTCGGAGACGAgc < 2:4917057/150‑1 (MQ=255) aCCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCGGCCTGGTCGGAGACGAgc < 1:1040704/150‑1 (MQ=255) | GACTTCCTGCGCTACTACGCGGTGCAGGCACGTAACGACTTCAGCAACGACGCCCACCGCCCACTGGGTCCTGTGGTGTGCATCAGCCCATGGAACTTCCCGCTGGCGATCTTCACCGGCCAGGTGGCCGCAGCCCTGGCTGCCGGCAACCCGGTACTGGCCAAGCCTGCCGAGCAAACCCCACTGATCGCCGCCCAGGCCGTGCGCCTGCTGCTGGAAGCTGGCATCCCAGAAGGCGTGCTGCAGCTGCTGCCGGGCCGCGGTGAAACTGTCGGTGCCGGCCTGGTCGGAGACGAGC > NC_002947/5634679‑5634976 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |