| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,797,033 | T→C | 5.6% | N949D (AAC→GAC) | gltB ← | L‑glutamate synthase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,797,033 | 0 | T | C | 5.6% | 509.8 / 12.0 | 162 | N949D (AAC→GAC) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/76); new base C (2/7); total (78/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGCTCTTGATGGTG > NC_002947/5796885‑5797181 | ttGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTg > 2:1954821/1‑150 (MQ=255)ttGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCGTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTg > 2:1052574/1‑150 (MQ=255) gACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGAc > 1:2977796/1‑150 (MQ=255) 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ggCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGa < 2:2953350/150‑1 (MQ=255) gATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGct > 2:1029526/1‑150 (MQ=255) ggCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGCTCTTGa < 2:2429672/150‑1 (MQ=255) ggCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGCTCTTGa > 2:1858722/1‑150 (MQ=255) ggCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACGCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGCTCTTGa < 1:1993521/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCTTTTACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGCTCTTGAt < 1:1445088/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGCTCTTGAt < 1:4983728/150‑1 (MQ=255) ccGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGCTCTTGATg < 2:2378658/150‑1 (MQ=255) ccGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGCTCTTGATg > 1:3948154/1‑150 (MQ=255) cGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGCTCTTGATgg > 2:4501228/1‑150 (MQ=255) gTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGCTCTTGATGGt < 2:4154164/150‑1 (MQ=255) | TTGACCGATACCAGCGCCTGCGGGTTGACCTGCTTGAGGTCGTAGATCAGCTGGGCCAGATCTTCGATCGAGTAAATGTCATGGTGTGGCGGTGGCGAGATCAGGGTCACGCCCGGTACCGCATAACGCAGCTTGGCGATCAGGCCGTTGACCTTTCCGCCCGGCAACTGGCCGCCCTCACCCGGCTTGGCGCCCTGGGCAACCTTGATCTGCAGCACTTCGGCGTTGACCAGATACTCCGGGGTCACACCAAAACGGCCGGTGGCCACCTGCTTGATCTTCGAGCTCTTGATGGTG > NC_002947/5796885‑5797181 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |