| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,846,753 | T→A | 5.4% | V466E (GTG→GAG) ‡ | PP_5122 → | GMC family oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 5,846,753 | 0 | T | A | 5.4% | 501.9 / 12.5 | 148 | V466E (GTG→GAG) ‡ | PP_5122 | GMC family oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/67); new base A (5/3); total (78/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
CATGGCACACGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATG > NC_002947/5846604‑5846899 | caTGGCACACGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCAtgt < 1:1519502/150‑1 (MQ=255)caTGGCACACGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCAGGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCAtgt < 1:1726920/150‑1 (MQ=255) gCACACGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATg < 1:499168/150‑1 (MQ=255) 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tGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCccacca > 2:2641445/1‑150 (MQ=255) cccTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATc < 2:1464053/150‑1 (MQ=255) ttCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGgc > 2:899109/1‑150 (MQ=255) ttCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGgc < 2:2775565/150‑1 (MQ=255) ttCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGgc > 1:3600899/1‑150 (MQ=255) ttCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGgc > 2:1108094/1‑150 (MQ=255) tCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGgcg < 2:4058405/150‑1 (MQ=255) cGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGcc > 2:2123225/1‑150 (MQ=255) cGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGcc < 2:4426063/150‑1 (MQ=255) gCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCa > 2:4815399/1‑150 (MQ=255) ttGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCaa > 2:1329539/1‑150 (MQ=255) gtGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCaa < 2:4838286/149‑1 (MQ=255) tGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAAt > 1:2435539/1‑150 (MQ=255) gggCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAAtt > 2:1607780/1‑150 (MQ=255) gggCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAAtt < 1:5019326/150‑1 (MQ=255) gcagccgcCCATCACATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTg > 1:2362380/6‑150 (MQ=255) gcagccgcCCATCACATGGGC‑GCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGt > 1:1151505/6‑150 (MQ=255) gcagccgcCCATCACATGGGC‑GCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGt > 2:3370403/6‑150 (MQ=255) cAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTc < 2:134791/150‑1 (MQ=255) cAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCGCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTc < 2:1772860/150‑1 (MQ=255) aG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCg > 2:115915/1‑150 (MQ=255) aG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCg > 2:115758/1‑150 (MQ=255) g‑cgcCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCTGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCgg < 2:646455/150‑1 (MQ=255) cgcCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGgt < 2:833449/150‑1 (MQ=255) ccATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTa > 1:328729/1‑150 (MQ=255) ccATGTGATGGACGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTa > 1:2886832/1‑150 (MQ=255) aTGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATg < 2:4428078/150‑1 (MQ=255) | CATGGCACACGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATG > NC_002947/5846604‑5846899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |