| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,846,754 | G→C | 5.4% | V466V (GTG→GTC) ‡ | PP_5122 → | GMC family oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,846,754 | 0 | G | C | 5.4% | 495.0 / 13.7 | 148 | V466V (GTG→GTC) ‡ | PP_5122 | GMC family oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (73/67); new base C (5/3); total (78/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GCACACGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCAT > NC_002947/5846608‑5846903 | gCACACGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATg < 1:499168/150‑1 (MQ=255)gCACACGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATg > 1:1593487/1‑150 (MQ=255) cacaCGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCCTGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATgg < 1:2491979/150‑1 (MQ=255) cacaCGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATgg < 1:427761/150‑1 (MQ=255) cacGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGggc < 1:1306522/150‑1 (MQ=255) cacGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGggc < 1:1922138/150‑1 (MQ=255) cGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGggcgg < 1:2577248/150‑1 (MQ=255) tCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGCGCAGCCGCCCATCACATGggcgct < 2:4089357/150‑3 (MQ=255) 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ggCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGac > 1:4807226/1‑149 (MQ=255) ggCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGaa < 2:3633388/150‑1 (MQ=255) gcgcCACCCCTGTAACCCCGGGGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAg < 1:684794/150‑1 (MQ=255) gcCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGAGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGAAG‑AGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGAc > 1:2030392/1‑150 (MQ=255) ccATGTAACCCCGGAGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCcgcg > 2:3224834/1‑150 (MQ=255) 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tGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCccacca > 2:2641445/1‑150 (MQ=255) cccTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATc < 2:1464053/150‑1 (MQ=255) cTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCgg > 1:10747/1‑150 (MQ=255) ttCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGgc > 2:899109/1‑150 (MQ=255) ttCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGgc > 2:1494102/1‑150 (MQ=255) ttCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGgc > 2:1108094/1‑150 (MQ=255) ttCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGgc > 1:3600899/1‑150 (MQ=255) cGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGcc > 2:2123225/1‑150 (MQ=255) cGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGcc < 2:4425994/150‑1 (MQ=255) ttGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCaa > 2:1329539/1‑150 (MQ=255) gtGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCaa < 2:4838286/149‑1 (MQ=255) tGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAAt > 1:2435539/1‑150 (MQ=255) gggCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAAtt < 2:4638149/150‑1 (MQ=255) gggCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAAtt < 1:5019326/150‑1 (MQ=255) gcagccgcCCATCACATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTg > 1:2362380/6‑150 (MQ=255) gcagccgcCCATCACATGGGC‑GCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGt > 2:3370403/6‑150 (MQ=255) gcagccgcCCATCACATGGGC‑GCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGt > 1:1151505/6‑150 (MQ=255) cAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTc < 2:134791/150‑1 (MQ=255) cAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTc < 2:2767798/150‑1 (MQ=255) cAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCGCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTc < 2:1772860/150‑1 (MQ=255) aG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCg > 2:115758/1‑150 (MQ=255) aG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCg > 2:115915/1‑150 (MQ=255) g‑cgcCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCTGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCgg < 2:646455/150‑1 (MQ=255) cgcCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGgt < 2:833449/150‑1 (MQ=255) ccATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTa > 1:328729/1‑150 (MQ=255) ccATGTGATGGACGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTa > 1:2886832/1‑150 (MQ=255) aTGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATg < 2:4428078/150‑1 (MQ=255) | GCACACGTCCAGTTTGCCGCTGGCGCCACCCATGTAACCCCGGTGCATAGCGACGCCAGCGCCGCCTCTAGCCTGGAACAGGCCCTGACCATGATCGACAAACTGCGCCTGGAGCCCTTCCGCACGCGCTTGGGCAG‑CGCCCATGTGATGGGCGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCAT > NC_002947/5846608‑5846903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |