| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,937,536 | G→A | 6.8% | S193S (TCG→TCA) ‡ | fau → | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,937,536 | 0 | G | A | 6.8% | 402.7 / 12.3 | 132 | S193S (TCG→TCA) ‡ | fau | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/66); new base A (5/4); total (62/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GGCGGTGGCTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCAGG > NC_002947/5937387‑5937685 | ggCGGTGGCTTCTATGGTCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCg < 1:4268526/150‑1 (MQ=255)ggCGGTGGCTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAGCCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCGTGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCg < 2:967029/150‑1 (MQ=255)ggCGGTGGCTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAGCCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCGTGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCg < 2:4117903/150‑1 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ggCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACg > 2:1569883/1‑150 (MQ=255) cTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTg > 1:4623283/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGa > 2:3467020/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGa < 1:2751969/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAgcg < 1:341657/150‑1 (MQ=255) 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gCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTa < 2:1511684/150‑1 (MQ=255) ccagccACGGTCCGAGACCGTGCCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAg > 1:5025089/6‑150 (MQ=255) cagccACGGTCCGAGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGt > 1:4064280/5‑150 (MQ=255) ggCCCGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGa < 1:2795070/150‑1 (MQ=255) ggCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGa > 1:4960512/1‑150 (MQ=255) gCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGAc < 2:1938491/150‑1 (MQ=255) gCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGAc < 2:1938478/150‑1 (MQ=255) gTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCacac > 1:4897636/1‑150 (MQ=255) tcGGACGGTGGCTGGTACCTGGCGCCTCGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCa < 1:4812457/150‑1 (MQ=255) tcGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCa > 1:1774440/1‑150 (MQ=255) cGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCAg < 2:2586094/150‑1 (MQ=255) cGGACCGGGGCTGGTACCGGGCGCCACGTTGCGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCAg < 1:196081/150‑1 (MQ=255) ggACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTc < 2:548900/98‑1 (MQ=255) ggACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTc > 1:548900/1‑98 (MQ=255) ggACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCAgg < 2:4198452/150‑1 (MQ=255) | GGCGGTGGCTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCAGG > NC_002947/5937387‑5937685 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |