Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,005,530 | G→C | 6.3% | P129A (CCG→GCG) ‡ | amaB ← | L‑piperidine‑6‑carboxylate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,005,530 | 0 | G | C | 6.3% | 771.8 / 29.2 | 232 | P129A (CCG→GCG) ‡ | amaB | L‑piperidine‑6‑carboxylate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/110); new base C (4/11); total (111/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
AGTCTTCTCGGACGGTTTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGT > NC_002947/6005381‑6005679 | tcttctCGGACGGTTTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGgc > 2:3023304/1‑150 (MQ=255) tcttctCGGACGGTTTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGgc > 2:524727/1‑150 (MQ=255) ggACGGTTTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGa > 1:4243631/1‑150 (MQ=255) 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2:3893898/1‑150 (MQ=255) aaCCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTc < 2:2689243/150‑1 (MQ=255) aaCAGGGAAGTTGAAGGCCGAGATAACGCCGACAACGCCAAGCGGATGCCAGGTTTCCATCATACGATGGCCAGCGCGTTCGGTAGCGATTGTGAGGCCGTAAAGCTGACGCGACAGACCAACTGCGAAATCGCAGATGTCGATCATTTc < 2:4472492/150‑1 (MQ=255) cagggAAGTTGAAGGCCGAGATAACGCCGACAACGCCAAGCGGATGCCAGGTTTCCATCATACGATGGCCAGCGCGTTCGGTAGCGATTGTGAGGCCGTAAAGCTGACGCGACAGACCAACTGCGAAATCGCAGATGTCGATCATTTCCt < 1:1326120/148‑1 (MQ=255) cGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTg > 2:1542195/1‑150 (MQ=255) cGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTg < 2:3739986/150‑1 (MQ=255) 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ggCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTtgt < 1:5084302/150‑1 (MQ=255) | AGTCTTCTCGGACGGTTTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGT > NC_002947/6005381‑6005679 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |