| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,079,498 | T→G | 5.2% | E60A (GAG→GCG) ‡ | PP_5329 ← | phosphate ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,079,498 | 0 | T | G | 5.2% | 587.2 / 15.7 | 173 | E60A (GAG→GCG) ‡ | PP_5329 | phosphate ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (89/75); new base G (6/3); total (95/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TCTGCTCGAAGGCTTGCAGCTCGACGTCCTTCATCTTGCGGCTCATCGGGCCGAGGTTGGCGGTGCCTTCGGTCAGCGCAGGTGGCGCGGTAGAGGAGCCGGCAGCCTGGATCTGGATGTTTACGTTCGGATATTCCTTCTTGTAGGCCTCGGCCCACAGAGTCATGAGGTTCGCGAGGGTGTCGGAACCAACGCTGGAGAGGTTGCCCGAAACACCAGTGGTCTTGGTGTAGGTCGGGATCGCAGGATCGACAGCGGCTACCGCGTTGGCGGTTGCAACGCCAGCGGCGGCAAAGGTA > NC_002947/6079349‑6079647 | tCTGCTCGAAGGCTTGCAGCTCGACGTCCTTCATCTTGCGGCTCATCGGGCCGAGGTTGGCGGTGCCTTCGGTCAGCGCAGGTGGCGCGGTAGAGGAGCCGGCAGCCTGGATCTGGATGTTTACGTTCGGATATTCCTTCTTGTAGGCCt > 2:255858/1‑150 (MQ=255) tGCTCGAAGGCTTGCAGCTCGACGTCCTTCATCTTGCGGCTCATCGGGCCGAGGTTGGCGGTGCCTTCGGTCAGCGCAGGTGGCGCGGTAGAGGAGCCGGCAGCCTGGATCTGGATGTTTACGTTCGGATATTCCTTCTTGTAGGCCTCg < 1:3499499/150‑1 (MQ=255) tGCTCGAAGGCTTGCAGCTCGACGTCCTTCATCTTGCGGCTCATCGGGCCGAGGTTGGCGGTGCCTTCGGTCAGCGCAGGTGGCGCGGTAGAGGAGCCGGCAGCCTGGATCTGGATGTTTACGTTCGGATATTCCTTCTTGTAGGCCTCg > 1:3411197/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |