| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,129,594 | T→C | 5.3% | Q90R (CAG→CGG) | PP_5375 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,129,594 | 0 | T | C | 5.3% | 478.4 / 9.7 | 152 | Q90R (CAG→CGG) | PP_5375 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/76); new base C (2/6); total (68/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CCTGGCGTAATCCTTCACATGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATAT‑CGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAAGCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGA > NC_002947/6129446‑6129743 | cTGGCGTAATCCTTCACATGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTgg < 1:727625/150‑1 (MQ=255) tGGCGTAATCCTTCACATGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGc < 1:1082091/150‑1 (MQ=255) gCGTAATCCTTCACATGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGt > 1:42569/1‑150 (MQ=255) 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cTTCACATGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATAT‑CGcc < 2:1092426/150‑1 (MQ=255) ttCACATGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATAT‑CGCCg > 2:1764851/1‑150 (MQ=255) ttCACATGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATAT‑CGCCg > 1:3639049/1‑150 (MQ=255) ttCACATGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATAT‑CGCCg > 1:2964876/1‑150 (MQ=255) ttCACATGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTGGCCTTGCCACTGGCGTATAT‑CGCCg > 1:407333/1‑150 (MQ=255) cacaTGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATAT‑CGCCGGt < 2:602999/150‑1 (MQ=255) caTGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATAT‑CGCCGGTgg > 2:1553408/1‑150 (MQ=255) aTGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATAT‑CGCCGGTGgc > 1:166669/1‑150 (MQ=255) aTGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATAT‑CGCCGGTGgc > 2:2224911/1‑150 (MQ=255) aTGATCGTGGGCGATGATCCGCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGTAACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACCGGCG‑ATATACGCCAGTGgc < 1:658566/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |