| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 541,360 | G→C | 5.3% | M1245I (ATG→ATC) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 541,360 | 0 | G | C | 5.3% | 481.2 / 10.6 | 146 | M1245I (ATG→ATC) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/77); new base C (6/2); total (66/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CCTATGGCTACCCCGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAG > NC_002947/541211‑541508 | ccTATGGCTACCCCGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtacatg > 1:3081585/1‑150 (MQ=255) tATGGCTACCCCGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtacatgta > 1:3847936/1‑150 (MQ=255) tATGGCTACCCCGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtacatgta > 1:815915/1‑150 (MQ=255) tATGGCTACCCCGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtacatgta > 1:3832663/1‑150 (MQ=255) aTGGCTACCCCGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtacatgtac < 1:1289569/150‑1 (MQ=255) gTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTg < 1:2947304/150‑1 (MQ=255) gTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTg < 1:390363/150‑1 (MQ=255) tCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGa > 1:4333/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |