Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 541,492 | A→G | 13.5% | E1289E (GAA→GAG) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 541,492 | 0 | A | G | 13.5% | 435.6 / 48.6 | 174 | E1289E (GAA→GAG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/72); new base G (12/11); total (91/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.13e-01 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
GTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGCCCGAGTCCTTCAA > NC_002947/541343‑541641 | gtgACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGaa < 1:3760505/150‑1 (MQ=255) gtgACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGaa > 2:2285071/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAgtgt < 1:699890/150‑1 (MQ=255) 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acatgtacatgCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTgg < 1:288851/150‑1 (MQ=255) atgtacatgCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGaa < 1:4495470/150‑1 (MQ=255) atgtacatgCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGaa < 2:3465683/150‑1 (MQ=255) atgtacatgCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGaa < 2:1149519/150‑1 (MQ=255) atgtacatgCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGaa < 2:1583652/150‑1 (MQ=255) 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gtggACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCaa < 1:2244274/150‑1 (MQ=255) gtggACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCaa < 2:2929148/150‑1 (MQ=255) gtggACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCaa < 1:3956370/150‑1 (MQ=255) gtggACGACAAGATGCACGCGCGGTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCaa < 2:2657645/150‑1 (MQ=255) gacgacAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATATGGTGCGGCTTACACGCTGCAGGaa > 1:2840256/1‑150 (MQ=255) 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tttCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTTGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCAt > 1:1002495/1‑150 (MQ=255) tttCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCAt > 2:617937/1‑150 (MQ=255) tCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGc < 1:1776740/150‑1 (MQ=255) ggggAGATTGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGccc < 1:4419005/150‑1 (MQ=255) ggggAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGccc < 2:1764660/150‑1 (MQ=255) ggggAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGccc > 1:1367965/1‑150 (MQ=255) ggggAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGccc > 2:2733544/1‑150 (MQ=255) ggggAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGccc < 1:2256052/150‑1 (MQ=255) ggAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGCCCGa < 1:5100385/150‑1 (MQ=255) gagaTGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGCCCGAg < 2:1974292/150‑1 (MQ=255) gagaTGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGCCCGAg < 2:547765/150‑1 (MQ=255) gaTGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGCCCGAGTc < 2:1872380/150‑1 (MQ=255) gaTGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGCCCGAGTc < 2:2060428/150‑1 (MQ=255) aTGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGCCCGAGTcc < 2:1688751/150‑1 (MQ=255) aaGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCTATCACCGTATGGAGCCGGGCATGCCCGAGTCCTTCa > 2:4154463/1‑150 (MQ=255) | GTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAACATCGTGGATGGCGATCACCGTATGGAGCCGGGCATGCCCGAGTCCTTCAA > NC_002947/541343‑541641 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |