Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 542,534 | T→C | 8.5% | G257G (GGT→GGC) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 542,534 | 0 | T | C | 8.5% | 416.9 / 19.9 | 140 | G257G (GGT→GGC) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (74/54); new base C (7/5); total (81/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CCAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGC > NC_002947/542386‑542682 | ccAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAtggtg < 2:1754288/150‑1 (MQ=255) ccAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAtggtg < 1:713621/150‑1 (MQ=255) cAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAtggtgg < 1:2222430/150‑1 (MQ=255) aCTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGcc < 2:2421336/150‑1 (MQ=255) ggAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGttt > 2:2846739/1‑150 (MQ=255) ggAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGttt > 1:3378352/1‑150 (MQ=255) gAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTc < 1:2524555/150‑1 (MQ=255) aaaCCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTcg < 2:3439438/150‑1 (MQ=255) 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cAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTcgc < 2:4290801/147‑1 (MQ=255) cAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGAc < 2:4719599/150‑1 (MQ=255) cAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGAc > 1:2454784/1‑150 (MQ=255) gATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTc > 1:4925940/1‑150 (MQ=255) aagaagCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGAc < 2:3770085/150‑1 (MQ=255) 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aTGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATc < 2:2183498/150‑1 (MQ=255) ggAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCaa > 1:4984088/1‑150 (MQ=255) ggAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCaa > 1:3935920/1‑150 (MQ=255) ggAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCaa > 1:1102704/1‑150 (MQ=255) ggAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCaa > 1:271232/1‑150 (MQ=255) ggAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCaa > 1:2671277/1‑150 (MQ=255) gAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCCGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAAc < 2:1874431/150‑1 (MQ=255) caGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAAcc < 2:2654566/149‑1 (MQ=255) aaGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAAcc > 2:371923/1‑150 (MQ=255) aaGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAAcc > 1:2148811/1‑150 (MQ=255) 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tgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGa > 1:481043/1‑150 (MQ=255) gAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGAt < 1:3205996/150‑1 (MQ=255) gATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTc > 1:2721679/1‑150 (MQ=255) gATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTc > 1:3899643/1‑150 (MQ=255) aTGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCg < 1:4595943/150‑1 (MQ=255) 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accgGATCTGCGTCCTCTGGTTCCGCTCGATGGCGGTCGTTTTGCTACATCCGATCTCAACGACCTTTACCGTCGTGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGTCTTATTGAACTGCGCGCTCCTGGCATCATTATCCGTAACGaaaa < 1:241795/149‑1 (MQ=255) ccgGATCTGCGTCCTCTGGTTCCGCTCGATGGCGGTCGTTTTGCTACATCCGATCTCAACGACCTTTACCGTCGTGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGTCTTATTGAACTGCGCGCTCCTGGCATCATTATCCGTAACGAAAAg > 2:82822/1‑150 (MQ=255) aCCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAgcgta < 1:316491/150‑3 (MQ=255) aCCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCa < 2:2928478/150‑1 (MQ=255) gCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCAtgct > 2:1237853/1‑150 (MQ=255) 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ctcTGGTTCCGCTCGATGGCGGTCGTTTTGCTACATCCGATCTCAACGACCTTTACCGTCGTGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGTCTTATTGTACTGCGCGCTCCTGGCATCATTATCCGTAACGAAAAGCGTATGTTGCAgg > 2:4326970/3‑150 (MQ=255) cGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAgg > 2:4085933/1‑150 (MQ=255) cTGGTTCCGCTCGATGGCGGTCGTTTTGCTACATCCGATCTCAACGACCTTTACCGTCGTGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGTCTTATTGAACTGCGCGCTCCTGGCATCATTATCCGTAACGAAAAGCGTATGTTGCAGGaa < 2:2454779/150‑1 (MQ=255) ttCCGCTCGATGGCGGTCGTTTTGCTACATCCGATCTCAACGACCTTTACCGTCGTGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGTCTTATTGAACTGCGCGCTCCTGGCATCATTATCCGTAACGAAAAGCGTATGTTGCAGGAAGctg > 2:338445/1‑148 (MQ=255) tCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGt < 1:72948/150‑1 (MQ=255) 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gATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGct > 1:706653/1‑150 (MQ=255) gtggCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTctgc < 1:2891800/150‑1 (MQ=255) | CCAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGC > NC_002947/542386‑542682 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |