| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 542,573 | C→T | 17.8% | R270R (CGC→CGT) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 542,573 | 0 | C | T | 17.8% | 381.5 / 69.3 | 168 | R270R (CGC→CGT) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/51); new base T (18/12); total (105/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAA > NC_002947/542425‑542722 | tGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGcc > 1:3457489/1‑150 (MQ=255) aaGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCgg < 2:1790654/150‑1 (MQ=255) aGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCggg < 2:3710257/150‑1 (MQ=255) gCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGt > 1:4205858/1‑150 (MQ=255) gCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGt < 2:4167310/150‑1 (MQ=255) aTGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATc < 2:2183498/150‑1 (MQ=255) ggAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCaa > 1:3935920/1‑150 (MQ=255) ggAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCaa > 1:271232/1‑150 (MQ=255) ggAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCaa > 1:2413291/1‑150 (MQ=255) ggAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCaa > 1:4984088/1‑150 (MQ=255) gAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCCGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAAc < 2:1874431/150‑1 (MQ=255) caGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAAcc < 2:2654566/149‑1 (MQ=255) aaGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAAcc > 1:2148811/1‑150 (MQ=255) aGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAAcc > 1:4773486/1‑150 (MQ=255) cTCGGGCAACCTGCCTGGGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCt < 1:2468868/150‑1 (MQ=255) tccggCAACCGTCCTGAGTGGATGATTATGAAGATCGTTCCGGTTATTCCACCGGATCTGCGTCCTCTGGTTCCGCTCGATGGCGGTCGTTTTGCTACATCCGATCTCAACGACCTTTACCGTCGTGTGATCAACCGTAACAACCGTCTg < 2:561487/147‑1 (MQ=255) tCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTg > 1:2775221/1‑150 (MQ=255) gggCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGaa < 1:3616211/150‑1 (MQ=255) gCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAgc < 2:2679417/150‑1 (MQ=255) aaCCTGCCTGAGTGGATGGTCCCGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAgcgc > 1:1511546/1‑150 (MQ=255) gcctgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCctgct > 2:917128/1‑150 (MQ=255) gcctgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCctgct < 1:1680822/150‑1 (MQ=255) cctgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCctgctg < 2:2079699/150‑1 (MQ=255) 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gAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGAt < 1:3205996/150‑1 (MQ=255) gATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTc > 1:2721679/1‑150 (MQ=255) gATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTc > 1:3899643/1‑150 (MQ=255) aTGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCg < 1:4595943/150‑1 (MQ=255) tCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGgcgc > 2:1371410/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |