| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 543,119 | G→C | 16.6% | L452L (CTG→CTC) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 543,119 | 0 | G | C | 16.6% | 446.3 / 72.3 | 168 | L452L (CTG→CTC) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTC > NC_002947/542972‑543267 | cgAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCTCCGACCCTTGACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGt < 2:1623788/150‑1 (MQ=255)cgAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGt > 1:3393157/1‑150 (MQ=255) aGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCt < 1:4750380/150‑1 (MQ=255) 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gCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAAc > 2:2428392/1‑150 (MQ=255) gCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAAc > 1:2571696/1‑150 (MQ=255) gCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAAc > 1:2571770/1‑150 (MQ=255) gCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAAc > 1:3254340/1‑150 (MQ=255) tATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACgg > 1:3903502/1‑150 (MQ=255) 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ccGCTCGTCTGTACAGAGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTGTCGCTTGAAGCTCAGCTTGAAGCACGCGTGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGCACCCGGCAAACGGCGCACCGatcatc < 2:4624354/150‑1 (MQ=255) | CGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTC > NC_002947/542972‑543267 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |