| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 858,325 | C→G | 8.7% | A168P (GCA→CCA) | phr ← | deoxyribodipyrimidine photolyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 858,325 | 0 | C | G | 8.7% | 439.1 / 24.1 | 138 | A168P (GCA→CCA) | phr | deoxyribodipyrimidine photolyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/62); new base G (4/8); total (68/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CAGGAAGCGTGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATGGCCGACTTTT > NC_002947/858176‑858474 | cAGGAAGCGTGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGCTTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTGCACCCGCCGTGc > 2:3873005/1‑150 (MQ=255) ggAAGCGTGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCa > 2:4851207/1‑150 (MQ=255) gAAGCGTGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAg < 1:2612083/150‑1 (MQ=255) aaGCGTGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAgg < 2:1552019/150‑1 (MQ=255) gTGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTTGTCGCGCAATGCGGGCGTTGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGTGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCATCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCCTGGCActgcgg < 1:4640759/150‑1 (MQ=255) gTGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCCTGGCAcggcgg < 1:2298670/150‑1 (MQ=255) tGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCCGGGGTAGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCAACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCCAGCCAcggcggg > 1:3886505/1‑150 (MQ=255) tGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCCTGGCAcggcggg < 2:1633842/150‑1 (MQ=255) aGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAgg > 1:1139559/1‑150 (MQ=255) aGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAgg < 1:2785811/150‑1 (MQ=255) aGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCCTGGCAcggcgggtgaa < 1:1570638/150‑5 (MQ=255) gCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCt > 2:609315/1‑150 (MQ=255) gACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCgg < 1:4055900/150‑1 (MQ=255) aCTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGt > 1:3923516/1‑150 (MQ=255) aCTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGt < 1:3629193/150‑1 (MQ=255) aCTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGt < 1:905707/150‑1 (MQ=255) ccTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAgggcggg > 2:2882375/1‑133 (MQ=255) ccTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAgggcggg < 1:2882375/133‑1 (MQ=255) 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ccAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTcttctt < 2:3056904/150‑1 (MQ=255) cAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTg > 2:1388333/1‑150 (MQ=255) aGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGa < 2:2576016/150‑1 (MQ=255) gTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGaa > 1:575913/1‑150 (MQ=255) tGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAAc < 2:3490928/150‑1 (MQ=255) 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tGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAGGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTgc < 2:3923516/150‑1 (MQ=255) tGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTgc > 1:4921339/1‑150 (MQ=255) gcTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCt > 1:1872363/1‑150 (MQ=255) gcTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCt > 1:4449957/1‑150 (MQ=255) cTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCCGATGCTCAAGGCCGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGACGTAATCGCCCCTGCGAGTGAGTCCGGTGCCCGGACGGAAGACCAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTg > 2:5006309/1‑150 (MQ=255) tCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGa > 1:3413319/1‑150 (MQ=255) tgcccGCCCTGGCACGGCGGGTAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGt < 1:3823974/132‑1 (MQ=255) tgcccGCCCTGGCACGGCGGGTAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGt < 1:3824053/132‑1 (MQ=255) tgcccGCCCTGGCACGGCGGGTAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGt > 2:3823974/3‑134 (MQ=255) tgcccGCCCTGGCACGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGAt > 2:808630/3‑150 (MQ=255) aCCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATg > 2:2656504/1‑150 (MQ=255) aCCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGGCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATg > 2:3398637/1‑150 (MQ=255) cccGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATgg > 2:1785200/1‑150 (MQ=255) cgccgTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCTCTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATGGcc < 2:3886505/150‑1 (MQ=255) cgccgTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATGGcc < 1:1358363/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCGTGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATGGACGACtatt > 1:4089234/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATGGCCGACtttt < 1:1388333/150‑1 (MQ=255) | CAGGAAGCGTGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATGGCCGACTTTT > NC_002947/858176‑858474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |