| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,045,261 | T→C | 5.8% | intergenic (+31/+75) | PP_0905 → / ← PP_0906 | hypothetical protein/RND family multidrug transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,045,261 | 0 | T | C | 5.8% | 550.7 / 13.9 | 172 | intergenic (+31/+75) | PP_0905/PP_0906 | hypothetical protein/RND family multidrug transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (79/83); new base C (5/5); total (84/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
CAGACCAGTGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTA > NC_002947/1045112‑1045411 | cAGACCAGTGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCt > 1:4237154/1‑150 (MQ=255) aGACCAGTGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTc > 2:22378/1‑150 (MQ=255) aCCAGTGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTcgc > 1:2360626/1‑150 (MQ=255) aCCAGTGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTcgc > 1:738746/1‑150 (MQ=255) tGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGTAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTg < 2:1133125/150‑1 (MQ=255) tGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTg > 1:2228006/1‑150 (MQ=255) cgcgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCg < 1:655024/150‑1 (MQ=255) cgcgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCg < 2:2351093/150‑1 (MQ=255) 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gcgGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTg < 2:2716247/150‑1 (MQ=255) gggATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGt < 1:4243599/150‑1 (MQ=255) gggATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGt > 1:3792207/1‑150 (MQ=255) aTGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCCCGCAATCGCGAGGCCTCTGGcttt < 2:4943618/150‑1 (MQ=255) tGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGttttt > 2:1772293/1‑150 (MQ=255) 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cAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTg > 2:3854918/1‑150 (MQ=255) aaaaCCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGc > 2:814539/1‑150 (MQ=255) aaaaCCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAACCAAAGGCCCCGCAATCGCGAGGCCTCTGGcttttcca < 1:488376/150‑4 (MQ=38) aaaaCCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAACCAAAGGCCCCGCAATCGCGAGGCCTCTGGcttttcca < 2:2918453/150‑4 (MQ=38) ccGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCt < 2:4391225/150‑1 (MQ=255) ccGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCt < 1:2885339/150‑1 (MQ=255) agcagcagGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCt > 2:464194/1‑150 (MQ=255) ggCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGc < 1:1623890/150‑1 (MQ=255) gagcgagcCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTc < 1:1476000/150‑1 (MQ=255) agcCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCggg < 2:3792207/150‑1 (MQ=255) gcCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGc > 1:3380338/1‑150 (MQ=255) ccAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCa < 2:549435/150‑1 (MQ=255) cAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAg > 1:2098655/1‑150 (MQ=255) aGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAgc > 2:4020626/1‑150 (MQ=255) aGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAgc > 2:3093349/1‑150 (MQ=255) 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tGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGgtg > 1:3754078/1‑150 (MQ=255) gTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCTGCAGGGTGTAg < 2:4237154/150‑1 (MQ=255) cTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCa > 2:4793384/1‑150 (MQ=255) cTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCa > 2:5084504/1‑150 (MQ=255) tGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCAc < 2:3358189/150‑1 (MQ=255) 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caaagGCCCCGCAATCGCGAGGCCTCTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAAcaca > 2:148772/4‑150 (MQ=255) agagGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACacaa > 1:1693715/1‑150 (MQ=255) aagGCCCCGCAATCGCGAGGCCTCTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACacaaa > 2:1695757/2‑150 (MQ=255) agGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACacaaac < 1:2934979/150‑1 (MQ=255) agGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACacaaac < 1:2934964/150‑1 (MQ=255) 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tCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGT‑CCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTa > 2:4860664/1‑150 (MQ=255) tCGCGATTGCGGGGCCGTTGGTTTATTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCCGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCACCACAAACAAggg > 2:1273713/1‑149 (MQ=255) | CAGACCAGTGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTA > NC_002947/1045112‑1045411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |