| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,045,268 | T→C | 6.2% | intergenic (+38/+68) | PP_0905 → / ← PP_0906 | hypothetical protein/RND family multidrug transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,045,268 | 0 | T | C | 6.2% | 558.9 / 16.3 | 178 | intergenic (+38/+68) | PP_0905/PP_0906 | hypothetical protein/RND family multidrug transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (82/84); new base C (6/5); total (88/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTAAACAA > NC_002947/1045120‑1045416 | cgcgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCg < 1:655024/150‑1 (MQ=255) cgcgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCg < 2:2351093/150‑1 (MQ=255) cggtGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCggg < 2:498752/147‑1 (MQ=255) 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tCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGt > 1:4535687/1‑150 (MQ=255) tCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGt > 1:1202470/1‑150 (MQ=255) tCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGT‑CCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTa > 2:4860664/1‑150 (MQ=255) gcgATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTaa < 2:2033030/150‑1 (MQ=255) aTTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTAaaca < 1:1661653/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTAaacaa < 2:4286555/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTAaacaa < 2:967867/150‑1 (MQ=255) | TGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTAAACAA > NC_002947/1045120‑1045416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |