| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 138,700 | G→A | 5.6% | R534Q (CGG→CAG) | PP_0131 → | membrane‑anchored phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 138,700 | 0 | G | A | 5.6% | 446.9 / 10.5 | 142 | R534Q (CGG→CAG) | PP_0131 | membrane‑anchored phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/62); new base A (3/5); total (75/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
CGGGTAATTGCCGAAGGAATCGAGTTCGAGGACCAGGCGGTGCTGCTGAACAGCGAGGGGGTCAATTATGGCCAGGGCTGGTTGTTTGCCCGGCCGCTGAACGCCCGGCAGTTTGCCGAGTTGGTGACTCGTGGGCACCTGCCGCGGCGGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGC > NC_002947/138552‑138849 | cGGGTAATTGCCGAAGGAATCGAGTTCGAGGACCAGGCGGTGCTGCTGAACAGCGAGGGGGTCAATTATGGCCAGGGCTGGTTGTTTGCCCGGCCGCTGAACGCCCGGCAGTTTGCCGAGTTGGTGACTCGTGGGCACCTGCCGcggcgg < 1:400682/150‑1 (MQ=255)cGGGTAATTGCCGAAGGAATCGAGTTCGAGGACCAGGCGGTGCTGCTGAACAGCGAGGGGGTCAATTATGGCCAGGGCTGGTTGTTTGCCCGGCCGCTGAACGCCCGGCAGTTTGCCGAGTTGGTGACTCGTGGGCACCTGCCGcggcgg < 1:4556948/150‑1 (MQ=255)cGGGTAATTGCCGAAGGAATCGAGTTCGAGGACCAGGCGGTGCTGCTGAACAGCGAGGGGGTCAATTATGGCCAGGGCTGGTTGTTTGCCCGGCCGCTGAACGCCCGGCAGTTTGCCGAGTTGGTGACTCGTGGGCACCTGCCGcggcgg < 1:684877/150‑1 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cctacACCCGCCGCGGCAGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCcccagccc > 1:737519/5‑150 (MQ=255) gggCACCTGCCGCGGCGGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCcccagccca < 1:1000417/150‑1 (MQ=255) ctacACCCGCCGCGGCAGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCcccagccca > 1:1685980/4‑150 (MQ=255) tacACCCGCCGCGGCAGGTGCAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCcccagcccag > 2:4447833/3‑150 (MQ=255) gCACCTGCCGCGGCGGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAGGACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCccagcccagc > 2:1982302/1‑150 (MQ=255) gCACCTGCCGCGGCGGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCccagcccagc < 1:122237/150‑1 (MQ=255) aCCTGCCGCGGCGGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAgcgc > 1:822583/1‑150 (MQ=255) ccTGCCGCGGCGGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGcgcc < 1:1627152/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGGCGGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGcgccgc < 1:339345/150‑1 (MQ=255) gCCGCGGCGGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCgccgcc > 1:2116307/1‑150 (MQ=255) gCCGCGGCGGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCgccgcc < 2:1608509/150‑1 (MQ=255) ccGCGGCGGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCt < 1:2630311/150‑1 (MQ=255) cggcggGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTc < 1:249043/150‑1 (MQ=255) cggcggGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTc < 1:1871280/150‑1 (MQ=255) cggcggGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTc < 1:862116/150‑1 (MQ=255) cggcggGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTc < 1:3901399/150‑1 (MQ=255) cggcggGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTc < 2:2405023/150‑1 (MQ=255) gcggGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCtt < 1:2511391/150‑1 (MQ=255) gcggGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCtt < 2:3130686/150‑1 (MQ=255) gcggGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCtt > 2:2245493/1‑150 (MQ=255) gggTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGc < 2:3772000/150‑1 (MQ=255) | CGGGTAATTGCCGAAGGAATCGAGTTCGAGGACCAGGCGGTGCTGCTGAACAGCGAGGGGGTCAATTATGGCCAGGGCTGGTTGTTTGCCCGGCCGCTGAACGCCCGGCAGTTTGCCGAGTTGGTGACTCGTGGGCACCTGCCGCGGCGGGTGTAGGCGCGTCGAAGCGATCAGACCGGCAACGCCATGTAGAACTGGGTCCCCTGCCCCGGCCGCGAAAACACGCCCATGCGCCCGCCGTGCAGCTGCACAATTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGC > NC_002947/138552‑138849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |