| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,397,108 | T→A | 7.2% | V17D (GTC→GAC) ‡ | tolA → | colicin S4/filamentous phage transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,397,108 | 0 | T | A | 7.2% | 439.2 / 16.1 | 135 | V17D (GTC→GAC) ‡ | tolA | colicin S4/filamentous phage transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/56); new base A (5/5); total (74/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GCGACAAGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGACCAATCAGA > NC_002947/1396962‑1397257 | gCGACAAGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTg < 2:2526049/150‑1 (MQ=255) cGACAAGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTgg < 2:2493471/150‑1 (MQ=255) cGACAAGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTgg < 2:123432/150‑1 (MQ=255) 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cATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGt > 2:5072003/1‑150 (MQ=255) cATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGt > 1:2526361/1‑150 (MQ=255) tCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTcc < 1:805658/150‑1 (MQ=255) tCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTcc < 1:4473009/150‑1 (MQ=255) tCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCAGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTcc > 1:1208897/1‑150 (MQ=255) ccTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAaga < 1:3880888/150‑1 (MQ=255) tCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGc < 2:2681822/150‑1 (MQ=255) tCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGc > 1:2873797/1‑150 (MQ=255) gAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAg < 1:4770574/150‑1 (MQ=255) cTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAac < 2:1725461/150‑1 (MQ=255) aggccgatGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAac > 2:304050/8‑150 (MQ=255) cgatGGCCCAGACACTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAaccacc > 1:951124/4‑150 (MQ=255) tCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCAccc < 1:3003804/150‑1 (MQ=255) tCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCAccc < 1:432313/150‑1 (MQ=255) gatGGCCCAGACACTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCAccc > 1:1172821/3‑150 (MQ=255) tGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAg > 1:1437805/1‑150 (MQ=255) ggCCCAGACACTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGa > 1:4190643/1‑150 (MQ=255) gCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCGACCACCCAGAc > 1:1880371/1‑150 (MQ=255) gCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGAc < 1:2419570/150‑1 (MQ=255) cccAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGAcc > 1:3927613/1‑150 (MQ=255) ccAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGACCa > 1:4085076/1‑150 (MQ=255) aGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGACCAAt < 2:2648143/150‑1 (MQ=255) aGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGACCAAt < 1:4187663/150‑1 (MQ=255) tCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGACCAATCaga > 2:4449224/1‑150 (MQ=255) tCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGACCAATCaga > 1:2647998/1‑150 (MQ=255) | GCGACAAGGCTGTCGACTATGGCGCGGTCATGGGTGCCATGGGCGGGTTGCAGAAGGCCGGTGTCGGTAACGTTGGCCTGATTACCGAGGCGCCCTGATGCAACAGCGAGAGCCATCCGCCTCGGAAAGCTACTTCTGGCCCAGTGTCTGGGCCATCGGCCTGCATGTGCTGGTGTTCGCCCTGCTGTTCGTCAGTTTTGCCATGACGCCGGAGCTGCCGCCTTCCAAGCCGATCGTTCAGGCTACCCTGTACCAGCTCAAGTCCAAGAGCCAGGCAACCACCCAGACCAATCAGA > NC_002947/1396962‑1397257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |