Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,450,065 | G→A | 6.4% | Q4* (CAA→TAA) | PP_1268 ← | HtrA suppressor protein SohA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,450,065 | 0 | G | A | 6.4% | 332.3 / 8.6 | 109 | Q4* (CAA→TAA) | PP_1268 | HtrA suppressor protein SohA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/49); new base A (2/5); total (55/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ACGTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCATGATGAT > NC_002947/1449916‑1450214 | aCGTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGattgcattg > 2:4228821/1‑150 (MQ=255) gTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGcc < 1:2014927/150‑1 (MQ=255) gTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGcc > 2:4303921/1‑150 (MQ=255) ttttttCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCt > 1:33913/1‑150 (MQ=255) tttttCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGCAATGCAATCGCATTACCtt < 2:3965070/150‑1 (MQ=255) tttCAAGCCCAAGGCGCGCCGCTCCGTTTCGGGAACTGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGt < 2:5110168/150‑1 (MQ=255) tttCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGCAATGCAATCGCATTACCTTga < 1:1586900/150‑2 (MQ=255) tttCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGCAATGCAATCGCATTACCTTga < 1:1169367/150‑2 (MQ=255) tttCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGCAATGCAATCGCATTACCTTga < 1:1169246/150‑2 (MQ=255) aaGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAAt < 1:4354722/150‑1 (MQ=255) gCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGc > 1:4789444/1‑150 (MQ=255) cccAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCa < 1:5040744/150‑1 (MQ=255) ccAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAg > 1:123377/1‑150 (MQ=255) 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cattgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCatga > 1:4069976/1‑150 (MQ=255) cattgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCatga > 1:1370379/1‑150 (MQ=255) attgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCatgat > 1:720054/1‑150 (MQ=255) ttgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCatgatg > 2:2705830/1‑150 (MQ=255) tgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTAATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCAtgatga < 2:397499/150‑1 (MQ=255) gcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCATgatgat < 2:4939247/150‑1 (MQ=255) gcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCATgatgat < 1:2642507/150‑1 (MQ=255) | ACGTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCATGATGAT > NC_002947/1449916‑1450214 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |