| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2181342 | 268 (1.090) | 315 (1.290) | 143/290 | 0.1 | 69.5% | intergenic (+176/+92) | PP_1931/PP_5486 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 4459540 = | 10 (0.040) | coding (212/696 nt) | pcaI | 3‑oxoadipate CoA‑transferase subunit A | |||||
Only 100 of 581 total aligned reads displayed.
CATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTGCGTTC > NC_002947/4459391‑4459688 | gcccaaaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTg < 2:1640257‑M2/2‑1 (MQ=255) atcatGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTg > 1:1699745/1‑150 (MQ=255) aaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCaa < 1:5025324‑M2/7‑1 (MQ=255) 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tCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaa > 1:161047‑M2/1‑134 (MQ=255) gaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTATGCt < 1:1101337‑M2/18‑1 (MQ=255) aacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCACGGTGGTCTGCTc > 1:4385022‑M2/132‑150 (MQ=255) aacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTc < 2:613410‑M2/19‑1 (MQ=255) actcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTc > 1:5331421‑M2/128‑150 (MQ=255) ggCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgc < 1:3115674‑M2/150‑24 (MQ=255) gCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcg > 1:4898083‑M2/1‑126 (MQ=255) ggCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggtt > 2:3300876‑M2/1‑123 (MQ=255) tcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGcc > 2:4523370‑M2/121‑150 (MQ=255) tcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGcc > 1:2342195‑M2/121‑150 (MQ=255) 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ccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTAc < 2:366008‑M2/44‑1 (MQ=255) tGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtc < 2:176996‑M2/150‑44 (MQ=255) cGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcg < 1:4110469‑M2/150‑48 (MQ=255) cggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTc < 1:3831351‑M2/50‑1 (MQ=255) ggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTcg > 1:1815337‑M2/100‑150 (MQ=255) gcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcatacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTcga > 2:1313514‑M2/99‑150 (MQ=255) gcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTcga < 2:2034211‑M2/52‑1 (MQ=255) gcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTcga < 2:2385063‑M2/52‑1 (MQ=255) gcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTcga < 1:2072941‑M2/52‑1 (MQ=255) tCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACGACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtg > 2:274715‑M2/1‑95 (MQ=255) 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aaccacgcaagttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACcgc < 2:4576344‑M2/65‑1 (MQ=255) ggTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcat > 1:1015790‑M2/1‑84 (MQ=255) gCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaa > 1:2845688‑M2/1‑81 (MQ=255) gCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaa > 2:2314250‑M2/1‑81 (MQ=255) gCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaa > 1:934620‑M2/1‑81 (MQ=255) ccGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagc > 2:3514535‑M2/1‑79 (MQ=255) ccGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagc > 1:617956‑M2/1‑79 (MQ=255) tttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGa < 2:4229974‑M2/75‑1 (MQ=255) tcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATc < 1:4460309‑M2/77‑1 (MQ=255) ttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGa > 1:1533066‑M2/72‑150 (MQ=255) 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cGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcagg < 2:4627368‑M2/150‑102 (MQ=255) cGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcagg < 1:4276526‑M2/150‑102 (MQ=255) ggCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggt > 2:809706‑M2/1‑48 (MQ=255) cctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTg > 1:970388‑M2/44‑150 (MQ=255) cctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTg < 2:5280881‑M2/107‑1 (MQ=255) aCGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttaca > 2:3034970‑M2/1‑44 (MQ=255) cGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacat > 1:3711653‑M2/1‑43 (MQ=255) gcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGa < 2:471600‑M2/112‑1 (MQ=255) ttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGt > 1:5400639‑M2/35‑150 (MQ=255) ggCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccgga > 2:2444165‑M2/1‑33 (MQ=255) ccTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagt > 1:2936198‑M2/1‑31 (MQ=255) cTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtg < 1:1305437‑M2/150‑121 (MQ=255) tcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGcgccgc > 1:3375730‑M2/24‑150 (MQ=255) cccTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggac > 1:1890401‑M2/1‑23 (MQ=255) gtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAgg < 1:3261319‑M2/99‑1 (MQ=255) gtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGc > 2:1477290‑M2/20‑150 (MQ=255) tgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCt > 1:4047568‑M2/19‑150 (MQ=255) gttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTc < 2:4372629‑M2/133‑1 (MQ=255) tCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactac > 1:3514859‑M2/1‑17 (MQ=255) tCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactac > 1:4817445‑M2/1‑17 (MQ=255) gcaggcagCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcac > 1:1199565‑M2/1‑12 (MQ=255) gcaggcagCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcac > 2:2588793‑M2/1‑12 (MQ=255) caggcagCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcacc > 1:529702‑M2/1‑11 (MQ=255) acagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTg > 2:4046887‑M2/10‑150 (MQ=255) aggcagCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccg < 1:734001‑M2/150‑141 (MQ=255) cctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTGc > 1:2415917‑M2/6‑150 (MQ=255) | CATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTGCGTTC > NC_002947/4459391‑4459688 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |