Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,544,534 | 0 | G | C | 40.5% | 168.2 / 224.8 | 168 | intergenic (+51/+63) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
ATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGAT > NC_002947/1544386‑1544680 | aTTTTGCCCTGGGGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGGGGTTTGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTCAACCCG‑CTCCTACACAggg < 2:3777774/150‑1 (MQ=255) aTTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGGGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAggg < 2:3225147/150‑1 (MQ=255) aTTGTGCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAggg < 1:1983825/150‑1 (MQ=39) 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2:5123815/97‑1 (MQ=17) tCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 1:29680/1‑150 (MQ=37) cTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 2:4882623/1‑150 (MQ=37) cTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 1:3889137/1‑150 (MQ=37) tACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:4079352/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:1640955/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:249998/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:3885798/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:1943924/1‑150 (MQ=255) tACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:1319779/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:3678284/1‑150 (MQ=37) cacaGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagg > 1:3969031/1‑150 (MQ=255) ccgggCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggat < 2:3706796/148‑1 (MQ=255) | ATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGAT > NC_002947/1544386‑1544680 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |