Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,544,543 | 0 | G | C | 41.9% | 128.4 / 221.0 | 162 | intergenic (+60/+54) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/57); new base C (32/35); total (68/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCA > NC_002947/1544398‑1544691 | ggggggggggggggggggCGTGGGCGCTGGGGCGGCGGGGGTTGGGGGGGGGGGGGCGGCCGGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATCATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑ttt < 1:162213/146‑1 (MQ=37) gggggggggggggggggCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTg < 1:5182383/147‑1 (MQ=255) ggggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTg < 1:3873224/147‑1 (MQ=255) ggggggggggggggggCGGTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGt < 2:3058130/148‑1 (MQ=255) gggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑Tgtgt < 2:183510/148‑1 (MQ=37) gcggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑Tgtgt < 2:2194468/150‑1 (MQ=37) gggggggggggggggggTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTa < 1:3344921/149‑1 (MQ=255) gggggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 1:4252042/149‑1 (MQ=25) gggggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 1:1519618/149‑1 (MQ=37) gggggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 1:4929593/149‑1 (MQ=37) gggggggggggggggCGTGGGCGCGGGGGCCGCGGTGGTTTGGGGGGGGGGGGCGGCCGGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTa < 1:3344600/149‑1 (MQ=38) gggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATACTCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTa < 2:5335630/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGGGGGGGGGTTGGCGGTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTa < 1:301447/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTATGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 2:9644/149‑1 (MQ=37) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGTTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 1:2010477/149‑1 (MQ=37) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 2:1710200/149‑1 (MQ=37) cggGGGGGGCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTATGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 2:2722914/150‑1 (MQ=25) ggggggggggggggggTGGGCGCTGGGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAg < 1:2267948/150‑1 (MQ=25) ggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAg < 2:1391149/150‑1 (MQ=255) gggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCTGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAg < 1:1721555/150‑1 (MQ=21) gggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAg < 1:57303/150‑1 (MQ=25) gggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAg < 1:3564287/150‑1 (MQ=255) gggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCACGTCGCGGGTAAACCCC‑CCCCTACACAGGGCCGCGCCGCGTTTGtg > 2:2528102/1‑149 (MQ=255) ggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGa < 1:2690189/150‑1 (MQ=25) ggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGa < 2:3472319/150‑1 (MQ=37) gggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGa < 2:2394096/150‑1 (MQ=25) gggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTTTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGTAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGa < 2:2380135/150‑1 (MQ=255) gggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑tt > 1:1821442/1‑143 (MQ=255) gggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑tt < 2:1821442/143‑1 (MQ=255) gggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGa < 2:3798017/150‑1 (MQ=255) ggTGGCGGGGGTGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAg < 1:3519659/150‑1 (MQ=255) gTGGGGGGGGGGTTGGCGCGGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGc < 1:2078760/150‑1 (MQ=255) gTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGc < 1:3445759/150‑1 (MQ=37) gTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGc < 1:4360174/150‑1 (MQ=255) gggggggggCGTGGGCGCGGGGGCCGCGGGGGTTGGGGGGGGGGGGGCGGCCGGGGGACGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCg < 1:1907133/146‑1 (MQ=37) ggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCgg < 1:1910792/147‑1 (MQ=25) ggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCgg < 1:5326912/150‑1 (MQ=37) ggggggggGTTGGCGCTGTGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCggg < 1:2785374/148‑1 (MQ=255) gggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCggg < 1:607835/148‑1 (MQ=21) gggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCggg < 1:997204/148‑1 (MQ=255) gggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCggg < 1:1994157/148‑1 (MQ=25) gCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCggg < 2:4119282/150‑1 (MQ=21) ggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑c < 2:3427512/150‑1 (MQ=255) gTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCcg < 2:705396/150‑1 (MQ=255) gcgcTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAg < 1:3227686/131‑1 (MQ=18) gcgcTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAg > 2:3227686/1‑131 (MQ=18) gcTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCggg > 1:2136720/1‑136 (MQ=255) gggcggcTGGGGTTGGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATGGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGcc < 2:3082817/149‑1 (MQ=255) gtgGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGt < 1:5060834/115‑1 (MQ=255) gtgGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGt > 2:2341068/1‑115 (MQ=255) gggCGGCCTGGGGACGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTCTGGCGGGGGCCGGCCTCTTCGGGGTTAAACCCG‑CCCCTACACCGGGCCGCGCCGC‑TTTGTCGGAGGGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAg < 2:1452865/150‑1 (MQ=38) gCTCGATAATCGGTATTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGa > 1:1935615/1‑79 (MQ=255) gCTCGATAATCGGTATTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGa < 2:1935394/79‑1 (MQ=255) aaacGGTACGGCCGGGGCCGGCCCCTCCGCGGCACACCCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGA‑TTTGTAGGAGGGGTTTGA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCa < 1:865713/147‑1 (MQ=255) gCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTccc < 2:3979516/150‑1 (MQ=255) ggccTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGCAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCGTCAGGGCCGCTCAGCCCCCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGc > 2:313791/1‑150 (MQ=18) ccTCTTCGCGGGTAACCCCG‑CTCCTACACTGGGCGGCGCCGC‑TTGGTAGGAGCGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCtt < 2:2770020/150‑1 (MQ=39) ctctTCGCGGGTAAACCCC‑CGCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑GGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAAAACAAAGCTTCAGGGCCGCTCCGCCACCCAGTGGTCGTCCCCCACCGGCGTCCCCCCCCCGGCGTc > 2:1887021/1‑150 (MQ=18) gcgGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCTGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATg > 1:4765205/1‑150 (MQ=25) gcgGGTAAACCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATg > 1:5236821/1‑150 (MQ=25) ggggTAAACCCGCCTCCCACCCGGGGCCGCGCCGT‑TTTGTCGG‑GGGGGTTTACCCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATg < 1:230276/149‑1 (MQ=255) aaaCCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTg > 2:4949382/1‑150 (MQ=255) ccccG‑CCCCTCCCCGGGGCCGCGCGGC‑TTTTCTGGCG‑GGGTTTACCCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCa < 1:2507512/149‑1 (MQ=255) aCCCG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCa > 1:388927/1‑150 (MQ=25) cccG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 1:3698122/1‑150 (MQ=255) cccG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 2:5359398/1‑150 (MQ=255) cccG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 1:391290/1‑150 (MQ=255) cccG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGc > 2:399116/1‑142 (MQ=25) cccG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGc < 1:399116/142‑1 (MQ=25) cccG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 2:2439377/1‑150 (MQ=37) cccG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 1:698522/1‑150 (MQ=37) ccG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 2:4258227/1‑150 (MQ=255) ccG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑GTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCATCAGGGCCGCTCCGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTACCTGATGCCACTGCAgg > 2:4427416/1‑150 (MQ=255) ccG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 2:1461867/1‑150 (MQ=37) ccG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 2:3705656/1‑150 (MQ=37) ccG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:475474/1‑150 (MQ=37) ccG‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 2:4718780/1‑150 (MQ=37) g‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTg > 2:2844587/1‑99 (MQ=17) g‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTg < 1:2844587/99‑1 (MQ=17) g‑CTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGc > 1:64601/1‑150 (MQ=37) tCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 1:4483501/1‑150 (MQ=255) tCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTg < 2:5123815/97‑1 (MQ=17) tCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 1:29680/1‑150 (MQ=37) cTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 1:3889137/1‑150 (MQ=37) tACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:249998/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:1943924/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:1640955/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:4079363/1‑150 (MQ=255) tACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:3678284/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:1980760/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:1319779/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:3993418/1‑150 (MQ=37) ccgggCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggat < 2:3706796/148‑1 (MQ=255) agcggcgcggccc‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTcccc < 1:4377138/106‑1 (MQ=25) agcggcgcggccc‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTcccc > 2:4377138/6‑111 (MQ=25) agcggcgcggccc‑TGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 2:5208309/6‑150 (MQ=255) gcgccgc‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTa > 2:4968696/1‑150 (MQ=255) gccgc‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAgg > 1:119488/1‑150 (MQ=255) gccgc‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAgg > 1:119661/1‑150 (MQ=255) cgc‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCGGCGTAGGCa > 2:1935824/1‑150 (MQ=255) | CGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCA > NC_002947/1544398‑1544691 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |